序章 幻想的碎片
世界上存在著許多只存在於記錄與記憶之中的傳承與傳說。
比如，現在已經消失的亞歷山大燈塔。
以及船員之間一直流傳的海怪等……
……有一群人一直在追尋著這樣的東西。
１章 邂逅
在哈勃斯堡家統治下的西班牙與神聖羅馬帝國。與兩國展開抗的法蘭西。威脅著他們的鄂圖曼帝國。在這些大國的旁邊，英格蘭一直在處心積慮地增強國力。
另一方面，在神聖羅馬帝國，在混亂的世態之下，逐漸開始了追尋某個傳說的動向。
（倫敦酒館旁） 在倫敦的港口廣場，英格蘭的傳令兵正在尋求幫助。據說前往里斯本的英格蘭商船在普利茅斯的西南海域遭到了海盜襲擊，但是英格蘭海軍似乎因為人手不足而無能為力。
（普利茅斯西南海戰） 剛剛救援了遭到海盜襲擊的英格蘭商船，北上而來的伊比利亞海盜就發動了襲擊。此時萊薩出現，共同進行了戰鬥。
總算成功保護了商船，抵達了目的地里斯本。據說英格蘭商人會在酒館支付禮金。主角領取了禮金。此時，商船船員前來，說是在卸貨時發生了麻煩。究竟發生了什麼呢？
所謂的麻煩，是有人在船艙中埋在書下睡著了。此人被萊薩叫醒，自稱名叫明娜，搖搖晃晃地走下了船隻。
主角與萊薩決定先到酒館休息一下。
酒館中，明娜正在用餐。她表示自己正在收集傳說與傳承，作為活動的一環而來到了里斯本。萊薩出於善意，忠告了對自身的危險毫無察覺的明娜，但是明娜沒有理會就離開了。
主角決定與萊薩一起返回倫敦。
２章 密令
主角與萊薩返回倫敦後，迎來了請求救援的傳令兵。
從傳令兵那裡領取了救援獎賞。此外，傳令兵告訴萊薩，來自英格蘭女王的書信已經送至了密德爾頓府。
萊薩、主角二人與格爾頓一起，閱讀了女王的書信。信上寫著女王的密令，內容是為了補充增強海軍的資金，需要尋找沉睡著財寶的傳說中的「七城之島」。
雖然知道無法簡單地發現線索，但是還是決定先查閱一下書庫的藏書。
書庫中果然沒有線索。根據格爾頓的提議，決定尋找同樣接受了密令的其他海軍軍官的去向。
在離開書庫時，一個名叫克勞斯的男子前來攀談。得知他正在尋找明娜，於是萊薩告訴他曾經在里斯本遇到過她。因為密令而無法提供幫助雖然令人感到抱歉，但是萊薩現在必須優先完成密令，因此離開了那裡。
３章 合謀
（航行30天，倫敦市區教會前樹下，格爾頓） 主角決定幫助正在為七城之島的事情而大傷腦筋的格爾頓。與他一起前往阿姆斯特丹的書庫。
荷蘭正處於擺脫西班牙統治的獨立運動的熱潮中。格爾頓也覺得此地不宜久留，立即前往書庫。
格爾頓到達書庫後，與學者談到了調查對象。學者為他推薦了地理學的書籍。正要根據他的建議尋找書籍時，西班牙士兵進來了。
西班牙士兵看到格爾頓是英格蘭人，便進行了盤問。格爾頓一時說不上來。設法搪塞過去……
被西班牙士兵逼問的格爾頓選擇用錢解決問題。西班牙士兵也能接受，因此就此收場，返回船上。
格爾頓決定返回倫敦。他聽到了西班牙士兵的私語。士兵好像在說地理調查的事情。
返回倫敦後，聽說萊薩為了討伐海盜，前往了普利茅斯。決定帶著需要報告的格爾頓追趕萊薩，前往普利茅斯。
萊薩已經在普利茅斯完成了討伐海盜的任務，格爾頓報告了在阿姆斯特丹發生的事情後，萊薩驚訝得說不出話來。
在普利茅斯的港口廣場，受到之前海盜討伐的影響而被阻攔的人們遲遲不能出航。其中，找到克勞斯的萊薩提出會護送到里斯本。
到達里斯本，克勞斯最先發現了明娜，打招呼距離太遠，就追了上去，決定前往里斯本的城裡。
明娜被阿爾貝羅帶到了里斯本。她向克勞斯報告了關於安提里亞的調查，說下次要前往馬賽的書庫。萊薩決定與她一起前往馬賽。
萊薩詢問了關於安提里亞的事情後，明娜很高興她對此也感興趣。雖然沒有什麼能告訴他的情報，但是如果前往馬賽，或許就能知道新的線索。
到達馬賽後，被看到萊薩等人的船隻的士兵叫住了。他們似乎在警戒英格蘭的船隻。士兵發現了想要遮掩的明娜的德意志口音，要將萊薩和明娜等人帶走。
面對士兵的盤問，萊薩沒忍住強硬的態度，責問士兵是否知道自己是英格蘭海軍。
萊薩威脅說會演變為國際問題，士兵對此十分激動，阿爾貝羅出現了。他提出作為釋放萊薩和明娜等人的條件，願意讓出自己船上的載貨。士兵感到十分詑異，得知戴貨是胡椒，便爽快地答應了。被解救的萊薩和明娜等人與阿爾貝羅一起返回里斯本。
就像一直等待到達里斯本一樣，阿爾貝羅喊住了萊薩。
想換個地方說話。
（里斯本東北高台） 阿爾貝羅提出了交易。想要相互協助安提里亞──七城之島的調查，因此認為萊薩會答應。
與阿爾貝羅約定，一個月後在里斯本會面，但是格爾頓對與他聯手一事，難掩心中的不安。萊薩告訴格爾頓，這也是為了國家。
４章 地圖的驗證
（航海30天後里斯本港口） 經過一個月，次前往里斯本，遇到了尋找明娜的克勞斯。主角決定在商業地區尋找。
（交易所旁） 根據城裡的船員的情報，聽說疑似明娜的人物正在打聽書庫的地點。明娜在書庫借到書以後，就到一個能慢慢讀書的地方去了。
明娜在教會。在談起從書庫借的書時，得知明娜開始收集文獻的契機。此時，阿爾貝羅出現，告知約定的一個月之期已經過去，前往當時分別的城市盡頭吧。
（里斯本東北高台） 萊薩報告了調查結果。
安提里亞是逃離異教徒進攻的主教們到達的島嶼──是一座巨大的長方形的島嶼，被認為是由七座城市組成，現在還沒有找到島嶼本身。
阿爾貝羅也報告調查結果。雖然恩里克航海王子和英雄哥倫布都沒找到安提里亞，但是據說有標記了地點的地圖。決定以此為線索，在亞速爾附近調查。
為了調查亞速爾附近，主角等人首先要前往亞速爾的城裡。
亞速爾也是恩里克航海王子搜索安提里亞的起點。萊薩確認是否也以這裡為起點進行調查，阿爾貝羅給出了提案。
阿爾貝羅提議將調查對像亞速爾附近，分成西北方和西南方向，分別進行調查。阿爾貝羅負責西南方向，主角和萊薩等人和明娜一起調查西北方向。
在亞速爾西北海域發現了行跡可疑的船隻。萊薩表示不能坐視不管，於是前去討伐。
（亞速爾西北海戰） 萊薩等人在亞速爾西北海域壓制了行跡可疑的船隻，俘獲了幾名船員。返回亞速爾，重整旗鼓吧。
明娜因為自己乘坐的船與海盜交戰，產生了動搖 或許是擔心她今後怎麼辦，萊薩叫住了她。船和俘虜交給格爾頓處置，前往了亞速爾城裡。
阿爾貝羅聽說萊薩等人與海盜交戰，十分擔心，看到他們回來，終算放心了。互相報告了調查結果，得知毫無收獲，為了重整旗鼓，決定返回里斯本。
萊薩等人從抓到的海盜的所有物品中找到了用法語寫成的信件，指示了西班牙船隻的襲擊。送信人不明的書信、西班牙船隻的襲擊──萊薩提議避開伊比利亞方向，返回倫敦。
因為目的地變成了倫敦，阿爾貝羅就不一起去了，格爾頓對於安提里亞到底藏著「什麼」懷有疑問，但是萊薩回答說無論那裡有什麼，我們自己應該做的事情都不會變。
剛到達倫敦，萊薩就與明娜告別了。是為了重新開始，暫且解散。受萊薩之託，主角決定將明娜送到牛津。
在牛津，等待著明娜的是意想不到的邂逅。崇拜的德拉迪斯坎特出現在眼前，明娜興奮得手舞足蹈。但是，當提及安里亞時，就冷靜下來，告訴了他在亞速爾發生的事情。
聽了明娜的話，德拉迪斯坎特說出了調查的頭緒。
明娜聽取了這番話，德拉迪斯坎以乎注意到了什麼，似乎有人在偷聽他們的談話。多虧了德拉迪斯坎特的機警，才得以脫身。
明娜雖然感到不安，但是也開始發現自己已經一點點地收集到了安提里亞的相關情報。於是她表示，包括德拉迪斯坎特提示的線索在內，要整理情報，獨自思索。
５章 「惡魔」的邀約
（航行30天後，倫敦） 在倫敦港遇到格爾頓，關於安提里亞，阿爾貝羅在伊比利亞收集情報，而萊薩則是希望能覲見女王，打探女王的真正意圖，但兩人都遇到了困難。剛好遇到正要前往希洪西北討伐海盜的萊薩，於是便同行。
（希洪西邊海岸） 要討伐的海盜船(15776,2830)，已經先被其他英格蘭海軍擊沉了。格爾頓看著萊薩因無法立下戰功而沮喪，因此提議前往希洪的酒館，養精蓄銳。
在希洪的酒館，有個男人向急於立下功績的萊薩搭話。雖然他對原本同樣是海盜卻成為貴族的萊薩展現敵意，但也對她堅定的態度帶有好感，便提供了鄂圖曼帝國與法蘭西勾結的情報。一行人對各大國的動向感到不安，並回到了倫敦。
萊薩在倫敦港與阿爾貝羅相遇。兩人最後在明娜所在的酒館會合。
明娜在酒館角落堆起書本，並向店內客人打聽有關安提里亞的事。客人被明娜問得很煩而離開酒館後，發現主角的明娜正打算要說話，卻和崩塌的大量書本，一起倒在地上。
阿爾貝羅等人聚集到明娜身邊，一行人看到了明娜的紀錄。這些紀錄清楚地記載著和傳說有關的人類欲望，但明娜說並不打算將其製作成讀物留在世間。在這些資料中，明娜發現了「薩塔納捷」的字眼，吸引了她的注意。於是她便跑向書庫。
明娜推測各地流傳的名為「惡魔之島」的傳說，其實是為了不讓人發現安提里亞，就像薩塔納捷島一樣。為了深入調查這件事，她提議和地理學者墨卡托見面。一行人爽快地贊成，但在前往港口前，阿爾貝羅叫住了萊薩。
阿爾貝羅說自己從知名的船員打聽到安提里亞有著「權威之證」。而萊薩也提供了法蘭西和鄂圖曼帝國有勾結的情報。阿爾貝羅對萊薩為了女王，毫不懷疑打探安提里亞這件事表示反感。之後，一行人前往港口。
克勞斯在港口做出航的準備。他說要去交易所，於是便由其他人去探望因病發作而痛苦的明娜。明娜一反平時明朗的口吻，用非常無神的眼神說：「我想要好好享受當下。」
不久後，一行人齊聚，朝阿姆斯特丹港前進。
阿姆斯特丹港停了許多西班牙的軍船。其中可以看到傭兵的身影。眾人正打算觀察情況，明娜卻催促大家盡快前往墨卡托宅邸。除了格爾頓和一副幹勁十足的胡安留在港口看船之外，其他人都前往墨卡托的宅邸。
墨卡托提供了多個「惡魔之島」的情報，以及從地理學角度進行的分析。此外，明娜還建議要以傳說收集家的立場進行分析就好。聽了情報的明娜，決定深入研究「惡魔之島」，因此要朝亞速爾的更西北邊邁進。
就在眾人離開墨卡托宅邸，討論今後的航路時，大家看到了萊薩認識的人弗雷德瑞克，進入了墨卡托的宅邸。接著西班牙士兵也進入了宅邸，萊薩感覺苗頭不對，便提議盡快回港。
一行人回到阿姆斯特丹港，看到一臉慌張的格爾頓和沮喪的胡安。他們說有個可疑人士跑進船上，最後卻沒有抓到對方。同時發生了許多問題，眾人感到不安，大家便在這樣的氣氛下，朝著亞速爾港出航。
眾人抵達亞速爾港明娜還打算繼續趕路，但被克勞斯阻止了，一行人決定在亞速爾過夜，養精蓄銳。
（道具店老闆旁） 在亞速爾度過的晚上，和工作到很晚的阿爾貝羅相遇。聊著聊著，不知為何胡安出現在街上。雖然向他詢問他在做什麼，但因為睡昏頭的明娜出現而不了了之。第二天，一行人朝著紐芬蘭出發。
（特拉諾瓦北部北北西） 一行人在紐芬蘭附近尋找「惡魔之島」，遭到法蘭西傭兵武裝船的襲擊。接著西班牙海軍出現。一行人聽到「十字架」這個字而產生好奇。但他們必須先趁者交戰的混亂局勢，逃往紐芬蘭。
（與法蘭西傭兵艦隊作戰後前往特拉諾瓦北部上岸點）（法蘭西傭兵艦隊x2／耐590／船員72） 之後他們遇到了失去船的法蘭西傭兵。傭兵提供了可治百病的聖遺物「安提里亞十字架」的情報，以換取物資。該物為權威之證，可預見各國想爭奪該物的野心，但卻缺乏其實際存在的證據。在明娜的提議下，一行人向海上的西班牙船搭話。
一靠近西班牙船，遲來的法蘭西海軍便攻擊西班牙船。一行人被巴爾特薩爾所救，並試圖逃脫，接著連海雷丁也介入了。他當初和法蘭西一起襲擊西班牙船，但之後也一併砲轟法蘭西船。一行人就在情勢混亂下前往波士頓。
（與巴巴里海盜作戰後前往波士頓）（巴巴里海盜x3） 眾人回顧先前的混戰。雖然海雷丁有可能謊稱聖遺物的存在，想要漁翁得利，但卻充滿了可疑之處。在克勞斯的提議下，明娜和萊薩一起前往馬賽。另一方面，阿爾貝羅和主角為了尋找鄂圖曼帝國，前往馬德拉。
６章 模糊的幻影
阿爾貝羅雖然到了馬德拉，但在辦正事前，他卻說有一件事他想先說。他們決定先進城再說……
但在和阿爾貝羅談話中，卻被鄂圖曼帝國土兵抓到。就在了解胡安被某人威脅時，海雷丁出現，暗示鄂圖曼帝國內還有其他敵人。接著萊薩出現，要求釋放阿爾貝羅等人。海雷丁似乎接受了交涉。
聽說萊薩從巴爾特薩爾等人獲得情報，因此前來救援。在和海雷丁的問答中，他對克勞斯產生了懷疑，要是真的是他的引導，那明娜就危險了。得前往馬賽才行。
朱利安在馬賽港和巴爾特薩爾相遇（應該是在馬賽港和朱利安及巴爾特薩爾相遇）。聽說明娜在克勞斯的倍伴下，從海路朝阿姆斯特丹前進。前往阿姆斯特丹港吧。
以前曾到訪墨卡托宅邸的佛雷德瑞克在阿姆斯特丹港。他只是個荷蘭的運輸商，卻聽說他也聽過各國為了安提里亞而鬥爭不斷。即使被勸告有危險，也不能在這裡停下腳步。得追上說要前往港口另一端的明娜才行。
(船場右方） 找到明娜時已經太遲了，她已經被克勞斯的夥伴抓住了。克勞斯知道自己的企圖已被發現，便表明安提里亞十字架，其實只是為了讓各國發生衝突而捏造的事情，他樂見世間變得混亂，並讓夥伴帶走了明娜。
被留下的一行人，開始尋找下一步。萊薩為了明娜和道義，要去追尋和傳說有關的真相。而阿爾貝羅則說要找出明娜的去向與克勞斯的真實身分，決定暫時個別進行調查，並約好之後在里斯本聯絡或主角可能會去的港口。
７章 暗中對峙
（30天後會在里斯本或其他港口接到阿爾貝羅的信，要主角前往塞維爾） 雖然國家的方針是促使國民去尋找夢幻島，但塞維爾碼頭可以看到城裡的人們對國家方針不知所措的樣子。士兵們的監視嚴苛，主角也會遭受盤問，而胡安卻化解了這樣的局面。
胡安說阿爾貝羅現在在薩格雷斯。
（薩格雷斯北面海邊找到阿爾貝羅） 在薩格雷斯和阿爾貝羅會合了。阿爾貝羅提議去神聖羅馬帝國的法蘭克福收集情報，那裡和明娜及克勞斯有著相當的關連。
眾人抵達了漢堡港口。沒有愛喧鬧的明娜，阿爾貝羅似乎覺得有些寂寞。他催促主角搭乘馬車前往法蘭克福。
（從漢堡搭馬車到法蘭克福，噴泉處城裡的年輕人） 當一行人在法蘭克福廣場向年輕人搭話，想詢問明娜的消息時，那個年輕人竟慌張地逃走了。那個人逃往城鎮北邊，訝異的阿爾貝羅提議追上他。
（在西邊的宅邸前找到城裡的年輕人） 一行人追上年輕人詢問，他說自己被各國人士詢問有關明娜的事，所以他不想扯上關係。和年輕人分開後，他被可是克勞斯的同夥給襲擊了。這樣下去主角等人也會被抓──就在此時，有人叫他們躲進宅邸。
宅邸中有著被拋棄的家譜圖和肖像畫。幫助主角等人的男人，說明那些都是因政治鬥爭而滅亡的貴族。他表明自己有個妹妹，叫做維爾海爾明娜。主角等人沒時間深究，克勞斯同夥過來前，他們就離開了宅邸。
阿爾貝羅很驚訝自己竟然可以幸運地遇可能是明娜哥哥的人，但他們還是先回到漢堡港口。其實萊薩早就和明娜哥哥有所接觸。聽說萊薩不追主角等人，而要去做其他事。
（回漢堡碼頭） 回到漢堡港後，發現有人在尋找主角船隻的航海紀錄。若乘船逃走的人是克勞斯的同夥，那只要追上他，或許就能獲得情報。
逃跑的船速度很快，一行人預測該船可能在普利茅斯附近或稍微南邊的地方上岸，因而決定前往當地。
（法蘭西西北岸靠岸地點） 一行人在法蘭西領土內上岸，發見逃跑的船隻與另一艘船隻。一行人下船察看──
發現西班牙士兵和克勞斯的同夥們正在偷偷見面。另一方面萊薩詢問貴族有關西班牙和克勞斯等人的勾結。知道明娜還活著。之後密會結束。主角等人和格爾頓重逢，決定前往卡薩布蘭加。
萊薩的船隻已經停在卡薩布蘭加港。
和萊薩會合的主角等人，聽說克勞斯等人潛伏在錫拉庫薩的地下堡壘，而明娜也被關在那裡。一行人立刻趕往當地。
錫拉庫薩碼頭並沒有克勞斯同夥的身影。得在對方有所行動前，在教會附近找出可以進入堡壘的地方──
一行人從教會旁木門進入堡壘，便在裡面受到克勞斯等人的襲擊。海雷丁突然發出砲擊，使堡壘毀壞。克勞斯和主角交談後，便自行從瓦礫的另一端離開了。主角和被救出的明娜一起逃往懸崖下的海。
雖然平安地救出了明娜，但明娜遭受到克勞斯背叛，心裡覺得很受傷。主角等人先在里斯本落腳。
８章 光之導引
（里斯本） 看明娜內心的混亂無法平息，主角等人決定暫時讓她一個人獨處。一行人為了方便說話，前往酒館。
他們在酒館聊了堡壘所發生的事。阿爾貝羅針對克勞斯的行動想說些什麼，但此時德拉迪斯坎特來訪。他說有事想告訴明娜，於是主角便帶著他去找明娜。說到明娜休息的場所，應該就是教會了吧──
德拉迪斯坎特歸還明娜撕破的資料，說不要視而不見後就離開了。看著資料，發現有一張地圖散發出奇妙的光芒。得回到酒館，和大家一起確認這到底是什麼──
已了解發光的地圖是安提里亞一部分的資料，且是描繪加勒比附的海圖。明娜舉出引導至傳說中場所的紙片的傳聞，但她又害怕期待落空。看到明娜這樣，主角等人給予她鼓勵，並決定前往聖胡安。
出航前，萊薩向某人發出信件。他說不知道會不會有回報──
（聖胡安東邊居民旁，明娜） 但就在聖胡安的調查遇到瓶頸時，西班牙船抵達。一行人很慌張，不過哥倫布是在萊薩要求下過來提供建言的。哥倫布說明地圖上的場所是南美北岸附近，將深入研究的事託付給明娜後便離去。
一行人一到聖胡安海域，地圖就像是在回應般地發光。前方究竟有什麼在等著他們呢──主角等人朝著南美北岸的靠岸地點前進。
（南美北岸高地） 當船隻抵達目的地，主角等人進入了一個奇妙的場所。那裡有著廢墟，以及記述抵達安提里亞的人們的筆記。明娜再次確認傳說的由來就是人們最真實的心願。不久一行人回到原本的世界，回到聖胡安。
（聖胡安船匠前） 明娜重新審視自己的心願，投入在撰寫傳說之地的作業中。一行人看到這樣的情景，找到了希望。阿爾貝羅還說，克勞斯的選擇，也是有屬於他自己的希望吧。剩下的就是前往主角等人應該回去的地方──也就是里斯本。
胡安在里斯本碼頭等著一行人。聽說還有其他人在等著。
胡安和德拉迪斯坎特前來迎接，主角等人的旅程終於結束。明娜最後說今後也要繼續追尋傳說，留下「故事」，而不單只是紀錄。祈禱那個「故事」能永久流傳下去吧──
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