【序章】幻想的碎片
世界上存在著許多只存在於記錄與記憶之中的傳承與傳說。
比如，現在已經消失的亞歷山大燈塔。
以及船員之間一直流傳的海怪等……
……有一群人一直在追尋著這樣的東西。
【1章】邂逅
在哈勃斯堡家統治下的西班牙與神聖羅馬帝國。與兩國展開對抗的法蘭西。為了壓制這些大國，鄂圖曼帝國一直在增強實力，擴大版圖。
另一方面，在神聖羅馬帝國，在混亂的世態之下，逐漸開始了追尋某個傳說的動向。
到達伊斯坦堡的玩家
（伊斯坦堡 / 碼頭附近 / NPC「士兵」觸發）收到了鄂圖曼帝國的宰相易卜拉欣的傳召。
易卜拉欣似乎想委託玩家向突尼斯補給物資。
到達突尼斯的碼頭之後，發現那裡有鄂圖曼帝國士兵的身影。據說希望把物資直接交給目前正在突尼斯海域警戒的艦隊。
在突尼斯海域
（突尼斯港口前不遠處），巡邏的艦隊剛剛捕了西班牙船，在準備交出補給物資之時，前來救援商船的西班牙艦隊發動了襲擊。趕來的海雷丁大喝住了準備逃走的鄂圖曼帝國艦隊。即將展開共同戰鬥。
玩家與海雷丁一起擊敗了西班牙艦隊
（海戰 / 重型蓋倫帆船X2 / 需獲勝），海雷丁命令奪走西班牙艦隊的全部載貨，返回突尼斯的港口。
返回突尼斯後，海雷丁告訴玩家來居室領取獎賞。
玩家從海雷丁那裡領取了獎賞。對於玩家被歸順的國家任意差遣的事情，海雷丁在諷刺的同時也表示了同情。此時，士兵帶來了一個人，據說一直待在此前捕獲的商船裡面。
此人名叫明娜，為了收集傳說與傳承而搭乘了船隻。海雷丁雖然把明娜關進了監獄，但是他似乎有什麼考慮。
對於明娜收集傳說的活動，海雷丁似乎從中發現了一些價值。他命令玩家對明娜采取懷柔策略……
首先，玩家去會見了明娜。在獄中，明娜不知為何劇烈地咳嗽了起來，必須帶來飲料讓她服藥。
服下藥物的明娜似乎鎮靜了下來。明娜或許出於感恩之情而吐露了實情。在得知需要她的助力之後，明娜希望帶她前往亞歷山大的書庫，調查夢幻島嶼。首先決定前往突尼斯的港口。
到達亞歷山大書庫的瞬間，明娜就被琳瑯滿目的藏書所吸引。她表示要暫時留在那裡。離開書庫後，遇到了海雷丁派出的巡邏兵。據說他會代替玩家監視明娜，如有異常就向突尼斯報告。
【2章】利用
（需在海面上經過30天）此後，到達突尼斯時，看到鄂圖曼帝國士兵正在與一名找人的男子發生衝突。此時，受派而來的土耳其禁衛軍部隊長揚尼斯出面進行了仲裁。
找人的男子說出了自己的目的。據說他名叫克勞斯，正在尋找主人兼好友的明娜。明娜現在就在亞歷山大的書庫之中。是否把她帶來，取決於玩家的判斷。
在亞歷山大的書庫外，依然有巡邏兵在監視明娜。據說明娜今天也依然沉浸在書庫之中。明娜得知了克勞斯一直在尋找她的事情後，勉強答應了一同同行，為了乘坐玩家的船隻而前往了碼頭。
帶著明娜返回突尼斯，鄂圖曼帝國士兵已經等在了那裡。據說海雷丁發出了召喚。
在海雷丁與揚尼斯的面前，明娜與克勞斯重逢了。揚尼斯再次向明娜詢問了收集傳說的事情。在聽到「七城之島」的話題後，揚尼斯與海雷丁交換了眼神，表示會支援明娜等人的調查活動。
在明娜與克勞斯離開之後，海雷丁與揚尼斯說出了真實想法。據說此前從西班牙艦隊那裡收繳的密文上，寫有尋找「七城之島」的西班牙國王的命令。二人為了趕超西班牙，似乎打算利用明娜。
【3章】諜報
（需在海面上經過30天）受到揚尼斯的召喚，決定前往突尼斯的宅邸。
揚尼斯的事情是幫助前往塞維爾的明娜，而且據說已經派間諜前往了塞維爾。
在塞維爾明娜纏著哥倫布，詢問「七城之島」的事情。但是，哥倫布馬上離開了，未能得情報。
明娜對哥倫布的突撃無果而終，決定返回突尼斯。
返回突尼斯，克勞斯正在那裡等待。克勞斯告訴玩家揚尼斯正等著呢，與明娜一起離開了。
報告在塞維爾的見聞，揚尼斯也不肯罷休。玩家決定繼續去追哥倫布。哥倫布似乎要去帕爾馬。
玩家離開宅邸後，被海雷丁叫住了。是為了對玩家的選擇給與忠告。明娜從遠處關注著情況。
帶上首先前往突尼斯碼頭的明娜，玩家的船前往帕爾馬。
哥倫布在帕爾馬見了巴爾特薩爾。兩人談起了安提里亞的事。哥倫布果然知道「七城之島」。
哥倫布對安提里亞的事情有所瞭解……明娜知道後，對調查更加幹勁十足了。
報告了在帕爾馬獲得的情報，揚尼斯確信了西班牙的想法。
揚尼斯走後，又被海雷丁喊住了。玩家打算和誰聯手呢……玩家的回答是……
【4章】地圖的驗證
（需在海面上經過30天）經過一個月，再次前往突尼斯，遇到了尋找明娜的克勞斯。玩家決定在商業地區尋找。
根據城裡的船員的情報，聽說疑似明娜的人物正在打聽書庫的地點。
明娜在書庫借到書以後，就到一個能慢慢讀書的地方去了。
明娜在清真寺。在談起從書庫借的書時，得知明娜開始收集文獻的契機。克勞斯在那裡出現了，催促趕緊前往宅邸。
明娜對揚尼斯報告了調查結果。恩里克航海王子和英雄哥倫布都未能發現的「安提里亞」……以地圖為線索，調查亞速爾附近吧。
要前往亞速爾的玩家一行決定與海雷丁同行。
據說亞速爾也是恩里克航海王子搜索安提里亞時的起點。玩家同樣也以亞速爾為起點，從西北方向開始調查。
在亞速爾西北海域發現了西班牙船隻。玩家追蹤南下尋找安提里亞的他們，駛向了亞速爾西南海域。
在亞速爾西南海域，西班牙船與海盜船打了一仗。看到他們兩敗俱傷，海雷丁說這是個好機會……
（海戰 / 重型蓋倫帆船X1、軍用卡瑞克帆船X1 / 需獲勝） 玩家一行雖然沒能擊敗海盜，但是海雷丁沒有錯失良機。
海雷丁完成了一件任務，抓捕了幾名船員，決定返回亞速爾。
將在遠洋戰鬥精疲力盡的明娜放在一邊，海雷丁前往了亞速爾的城裡。明娜急忙去追趕他。
從抓獲的船上發現了送信人不明的信。書信用法語指示了哈勃斯堡各國船隻的襲擊。揚尼斯是否對此知情呢……？
在突尼斯與海雷丁告別，明娜提出關於安提里亞，想擴大範圍進行調查。按照她的希望，前往了亞歷山大的書庫。
在亞歷山大的書庫，等待著明娜的是意想不到的邂逅。崇拜的德拉迪斯坎特出現在眼前，明娜與奮得手舞足蹈。但是當提及安提里亞時，就冷靜了下來，告訴了他在亞速爾發生的事情。
聽了明娜的話，德拉迪斯坎特說出了調查的頭緒。明娜聽取了這番話，德拉迪斯坎特似乎注意到了什麼，似乎有人在偷聽他們的談話。多虧了德拉迪斯坎特的機警，才得以脫身。
又有人追趕明娜。揚尼斯解救她脫離了險境。明娜雖然感到不安，但是也開始發現自己已經一點點地收集到了安提里亞的相關情報。於是她表示，包括德拉迪斯坎特提示的線索在內，要整理情報，獨自思索。
【5章】「惡魔」的邀約
抵達亞歷山大港後，明娜便攔著商人詢問安提里亞的事。聽說克勞斯叫她休息，所以才休息。她說想進行中途報告，便前往借來的宅邸。
不知為何揚尼斯在明娜的作業場，看著明娜整理的傳說紀錄。這些紀錄清楚地記載著和傳說有關的人類欲望，但明娜說並不打算將其製作成讀物留在世間。在這些資料中，明娜發現了「薩塔納捷」的字眼，吸引了她的注意·於是她便跑向書庫。
明娜推測各地流傳的名為「惡魔之島」的傳說，其實是為了不讓人發現安提里亞，就像薩塔納捷島樣。為了深入調查這件事，她提議和地理學者墨卡托見面。揚尼斯也答應，一行人先前往亞歷山大港。
克勞斯在港口做出航的準備。他說要去交易所，於是便由其他人去探望因病發作而痛苦的明娜。明娜一反平時明朗的口吻，用非常無神的眼神說：「我想要好好享受當下。」不久後，一行人齊聚，朝阿姆斯特丹港前進。
阿姆斯特丹港停了許多西班牙的軍船。一行人注意到其中摻雜著英格蘭軍船，此時，揚尼斯安排的男人出現，他帶著一行人從旁道路前往城市中心。
墨卡托提供了多個「惡魔之島」的情報，以及從地理學角度進行的分析。此外，明娜還建議要以傳說收集家的立場進行分析就好。聽了情報的明娜，決定深入研究「惡魔之島」，因此要朝亞速爾的更西北邊邁進。
就在眾人離開墨卡托宅邸，討論今後的航路時，大家看到了有個不像是學者的男人，進入了墨卡托的宅邸。接著西班牙士兵也進入了宅邸，一行人感覺苗頭不對，便迅速往亞速爾方向前進。
西班牙軍隊的船隊在亞速爾近海等著一行人。船隊不由分說便攻撃過來，一行人和前來救援的海雷丁一起打退船隊。
（海戰 / 重型蓋倫帆船X2，海雷丁為援軍 / 需獲勝） 和海雷丁一起成功擊敗西班牙軍隊。總之，必須先進亞速爾港，重整態勢。
即使詢問海雷丁為什麼會前來救援，也得不到答案海雷丁叫明娜等人在前往目的地前，先在亞速爾休息，接著自己便留在港口。
在亞速爾過夜的晚上，遇到了前往酒館的海雷丁。他說自己是依照揚尼斯的指示來到此地，不過看起來似乎還有其他的原因，但他聽到部下跟他報告的内容後，就沒再繼續說下去了。第二天，一行人朝著紐芬蘭出發。
一行人在紐芬蘭附近尋找「惡魔之島」，遭到西班牙海軍的襲擊。而前來救援的，是為了對抗西班牙而和鄂圖曼帝國結盟的法蘭西軍船。聽到「十字架」的一行人，必須和法蘭西一起撃退西班牙。
（海戰 / 需獲勝） 法蘭西海軍在追擊西班牙海軍的途中，一行人看到英格蘭和荷蘭的船隻都受到波及。看到此景的海雷丁露出詭異笑容，並朝著應該是同夥的法蘭西船隻攻擊。
海雷丁將法蘭西海軍擊潰，並在混戰中俘虜了英格蘭的船隻。他帶著俘虜，在附近的波士頓港進行補給。
雖然詢問被抓住的萊薩有關「十字架」的事，但他絕口不提。阿爾貝羅前來要求放了萊薩，相對地，自己會提供能治百病的聖物「安提里亞十字架」的情報。海雷丁釋放兩人後，便命令回到突尼斯。
【6章】模糊的幻影
抵達突尼斯後，明娜和克勞斯便離開了。海雷丁叫留下的玩家來宅邸。
看到亞速爾和紐芬蘭發生的事後，海雷丁認為各國背後有幕後黑手在撐腰。為了打探這件事，他命令玩家在伊斯坦堡打探揚尼斯的周遭情報。
抵達伊斯坦堡後，在場的士兵拜他幫忙易卜拉欣辦事。調查揚尼斯周遭情報，順便去看看或許也是個好方法。
為了易卜拉欣想委的事，就是從奥德薩官員取徵兵與訓練的計畫書。聽說這平常都是耶尼切里部隊長揚尼斯的工作，但他今天因為有特殊任務，所以沒空。如果幫忙的話，或許可以得到一些線索。
從奧德薩官員領取了徵兵和訓練的計畫書。那個計劃書的內容好像是徵調異教徒，改變其宗教信仰，並將其教育成士兵的制度。回到伊斯坦堡，將計畫書交給易卜欣。
已將計劃書交給易卜拉欣。卜欣對該計畫書的周全度給予高度評價，並將其當作徵調制度的成功範例，大肆稱讀執行人揚尼斯。揚尼斯現在好像在伊斯坦堡，因此要去找他。
一踏進清真寺後，看到揚尼斯在等人。現身的男人好像只是被派來傳話，他說完「我們會處理」這段話後，兩個人便分頭離去。得離開清真寺追上去才行。
一踏出清真寺，揚尼斯便用短劍指著這邊。他對這邊的諷刺，也同樣諷刺到他自己。他大概是受到毫不動搖地對峙的玩家感動，暗示幕後黑手是克勞斯後便離去。和克勞斯在一起的明娜或許有危險。得朝突尼斯出發才行。
根據突尼斯港士兵的消息，明娜和克勞斯一起前往亞歷山大。只要去亞歷山大尋找，就會找到了嗎……
明娜被克勞斯的同夥抓住了。克勞斯知道自己的企圖已被發現，便表明安提里亞十字架，其實只是為了讓各國發生衝突而捏造的事情，他想要殺了玩家，卻被海雷丁阻止了。克勞斯和明娜及同夥一起逃跑了。
漸漸能了解克勞斯和揚尼斯真正的意圖。海雷丁笑著說，不會再讓他們在自己眼前亂來了。他漸漸認可玩家的作為，說如果他有利用價值的話，就好好利用，說完就離去了。暂時個別行動後，就去伊斯坦堡看看吧。
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