劇情簡介

突然、遠い宇宙からやってきた隕石が、大氷原に激突した。氷原に住むポケモンの調査に来ていた科学者、「ロンド博士」の観測隊と息子「トオイ」は落下の激しい爆風に巻き込まれてしまう。周囲をおおう水蒸気の中には幻のポケモン「デオキシス」の影が……。そこへてんくうポケモン「レックウザ」が姿を現し激しいバトルを繰り広げる！バトルに巻き込まれる、ロンド博士とトオイ。
それから4年後。ハイテク都市、＜ラルースシティ＞へやってきたサトシとピカチュウたちは、この街のバトルタワーで行われるポケモンバトルに挑戦しようとしていた。そこで偶然知り合った少年、それがトオイだった。トオイは4年前の経験のせいですっかりポケモンが苦手になっていた。そんなトオイの心を開こうとするサトシとピカチュウたち。しかしそこへ突然現れる、幻のポケモンデオキシス。その目的とは？
ハイテクシティを舞台に、ポケモン史上最大のアドベンチャーが始まる！