宇宙最初只是一個混沌，無光、無聲、亦無色。無量紀元後，混沌中自然生出一個巨人，名為盤古。混沌紀最後十萬八千年，盤古持斧開天闢地，最後以身軀化為三界。盤古化道後，女媧、三清、蚩尤等先天神族出現，佔據仙界。大地上，被以十二祖巫為首的巫族佔據。巫族肉身不死，不事生產，只知崇拜盤古，殺生祭祀，以致天地間靈氣日漸希薄，被女媧、三清先天神族厭棄。而龍族則深潛於四海，與世無爭。
三清合力戰敗十二祖巫，又以誅仙劍陣等先天靈寶削去巫族氣運，將巫族流放至萬巫之森，以此功德合道，成為先天聖人。此戰為洪荒第一戰，名為“萬巫之戰”。
巫族流放後，大地空空蕩蕩，女媧於是造人，三清樂見其成。蚩尤卻以人族弱小，不屑為之。後來女媧造人成功，於天地有大功德，以此成聖。蚩尤見之，心生妒忌。當初先天五神，而今只有蚩尤未成聖人，他遂雲遊宇宙八荒，苦思成聖之路。
蚩尤於域外虛空中，苦思冥想，不慎被天魔之主侵入內心，遂起念建立魔族。他佔據了無生機的魔界，自號魔尊，以魔界冥鐵和焚石熔鑄，創造魔族。然而天地氣運，皆被女媧與三清佔據，蚩尤還是無法成聖，他遂率領魔族攻上天界，被三清以天地盤古幡、混沌鐘等先天至寶擊敗，又削去不死之身。蚩尤率眾退至人界，卻被黃帝率領人族追擊，全軍覆沒於逐鹿。此戰為洪荒第二戰，名為“逐鹿之戰”。
逐鹿之戰後，黃帝將蚩尤葬於蚩尤塚，三清以極大法力將魔界其餘地方全部封印。魔族其餘族人流放於九黎故地。魔族覆亡後，三清於天界建立天庭，選太一與羲和為第一任天帝與天後。太一生有十個兒子，自恃為天界太子，淘氣異常。
此時神族與人族關係和穆，互為通婚，後羿即為天神與人間美女所生之子，他心慕神女嫦娥，四處求學成神之道，尋得先生寶物煉成後羿弓。一日，太一與羲和前往昆侖山聽聖人講道，十太子全體偷至下界，引得十日齊出，大地乾涸，後羿大怒，以後羿弓射殺九位太子，唯最小太子陸壓逃脫。太一羲和回歸，得知九個兒子之死，遂率天神與後羿部族開戰。後羿戰敗，但此戰造成人間生靈荼炭，太一羲和被迫退位，後羿因曾學藝於通天聖人，得以不死，卻被削去了全身法力。因此為洪荒第三戰，名為“射日之戰。
射日之戰後，三清重選玉帝與王母為天帝天後，人間重歸祥和。然而，傳說域外天魔肆虐，三清全部前往域外抵禦，人間魔氣也漸漸凝結，魔族恐有捲土重來之勢……
此時，三界中開始傳言：蚩尤之子已經降世，他要復興魔族，三界稱尊，為父報仇！
遊戲背景
