目前版本的甲板戰屬回合制模式，玩家可以下達作戰方針給船員進行機制類似於猜拳的攻防。然而除此之外，遊戲另外還導入了”準備（Preparation）”以及”士氣（Morale）”等其它因素使甲板戰玩法更多元
甲板戰主要可分為二時期：登艦前準備 和 登艦甲板戰
登艦前準備
在你打算登上敵方船艦前須先按下”Boarding（登艦）”鈕，唯有在按下此按鈕後船隻才會丟出鉤船索套住其他船隻（當然被登艦者除外），在按下按鈕至實際和其他船隻接觸的時間裡你的”準備（Preparation）”值會慢慢增加，最多不超過100
足夠的準備值對之後登艦甲板戰是非常重要的。由於玩家使用作戰指令需要花費準備值，擁有有更多起始準備值意味著更多的選擇，所以不論你是要攻擊還是意識到自己將被攻擊，事前的準備值累積都有其戰術價值
值得注意的是，當你的船在進入”Boarding”模式時，其他的船隻活動（包括Sailing、Gunnery、Survival等等）效率都會降低，所以使用時機也非常重要
登艦甲板戰
當敵方船隻距離夠近、船速也夠慢時，畫面會提示玩家按下”G”艦進行登艦甲板戰。一旦甲板戰開始，遊戲會跳出一甲板戰視窗，視窗內訊息如下：
- Crew and Marines（水手及士兵）: 參與甲板戰的人數，倘若數量因為損傷歸0則戰鬥結束，失敗方將失去船隻和貨物
- Morale（士氣）：士氣取決於之前戰鬥損失的人員，如之前砲擊或甲板戰受傷死亡的人數，一但士氣歸0則船員可能依情況撤退或投降
- Preparation（準備）：使用任何作戰指令都需要用到準備值，準備值在每回合後都會少量累積，若不足則無法在該回合使用特定作戰指令。也因此登艦前準備越充分（最多100）則在甲板戰初期對玩家越有利，作戰中如何使用及保存足夠準備值也是一門學問
- Muskets/Fire Power/Melee（槍枝/大砲火力/刀劍）：各個數值代表對應作戰指令的擊殺能力，如當選擇”Musket Volley（槍枝射擊）”時，只有Musket的數值會納入攻擊力計算公式
- Battle timer（回合碼表）：每回合有15秒，在這段時間內玩家可以依自己的需求和擁有的準備值更換作戰指令，時間到後系統則執行指令。
註：隨著碼表倒數，各作戰指令所需的準備值都會增加，也就是為何當剩下沒幾秒時原本能使用的指令可能會變得無法選取
- Command Next Round（回合作戰指令）：顯示敵方及我方在這回合結束後使用的作戰指令，可以幫助玩家判斷哪些作戰指令最能克敵制勝
然而在15秒的倒數時間裡敵方也會因應情況更改指令，各作戰指令又有自己的冷卻時間，加上準備值隨時間變動等因素，選擇時機也是關鍵
作戰指令
Brace（俯身防砲）
Brace是預設的作戰指令，不論在戰鬥開始還是當其他指令都無法選擇的時候。Brace可以保護船員免受遠距離砲火攻擊，由於這項作戰指令不消耗任何準備值，所以在需要儲備準備值同時想保護船員人數時Brace是一個不錯的選擇
| 敵方作戰指令 |
防禦效果 |
| Brace（俯身防砲） |
ｏ |
| Defend（防禦） |
ｏ |
| Attack/Counter-Attack（攻擊/反擊） |
－－－ |
| Musket Volley（槍枝射擊） |
＋＋＋ |
| Fire Deck Guns（火砲射擊） |
＋＋＋ |
| Fire Grenades（手榴彈攻擊） |
－－ |
| 淺藍－防禦系指令 粉紅－攻擊係指令 淡黃－其他 ＋：優勢 ｏ：一般 －：劣勢 |
準備值消耗：無
持續時間：1回合
重新裝填：無
冷卻時間：低
Defend（防禦）
Defend會讓所有船員處於防禦敵方近距離攻擊的陣勢之中，是專剋Attack/Counter-Attack的作戰指令。然而Defend在面對遠距攻擊（Musket、Deck Gun）時往往處於不利一方
| 敵方作戰指令 |
防禦效果 |
| Brace（俯身防砲） |
ｏ |
| Defend（防禦） |
ｏ |
| Attack/Counter-Attack（攻擊/反擊） |
＋＋＋ |
| Musket Volley（槍枝射擊） |
－－－ |
| Fire Deck Guns（火砲射擊） |
－－－ |
| Fire Grenades（手榴彈攻擊） |
－－－ |
淺藍－防禦系指令 粉紅－攻擊係指令 淡黃－其他 ＋：優勢 ｏ：一般 －：劣勢
|
準備值消耗：低
持續時間：1回合
重新裝填：無
冷卻時間：中
Attack/Counter-Attack（攻擊/反擊）
Attack/Counter-Attack送出攻擊隊突襲敵方，如果在本指令效果作用時把敵方士氣降為零，則會迫使敵船投降
Attack/Counter-Attack對抗所有除Defend以外的作戰指令都非常有利，面對Defend時，除非己方船員數及士氣皆遠勝敵方，不然還是更換其他指令吧
另外若兩方船隻有甲板數差異，攻擊方將承受不小攻擊力懲罰
| 敵方作戰指令 |
攻擊效果 |
| Brace（俯身防砲） |
＋＋＋ |
| Defend（防禦） |
－－－ |
| Attack/Counter-Attack（攻擊/反擊） |
ｏ |
| Musket Volley（槍枝射擊） |
＋＋＋ |
| Fire Deck Guns（火砲射擊） |
＋＋ |
| Fire Grenades（手榴彈攻擊） |
＋＋＋＋ |
淺藍－防禦系指令 粉紅－攻擊係指令 淡黃－其他 ＋：優勢 ｏ：一般 －：劣勢
|
準備值消耗：高
持續時間：1回合
重新裝填：快
冷卻時間：高
Musket Volley（槍枝射擊）
Musket Volley組織己方船員向敵方進行火槍齊射，除人數及槍枝數量影響本指令攻擊力外，更多層的船艦甲板數也會大大增加Musket Volley的威力
| 敵方作戰指令 |
攻擊效果 |
| Brace（俯身防砲） |
－－－ |
| Defend（防禦） |
＋＋＋ |
| Attack/Counter-Attack（攻擊/反擊） |
－－－ |
| Musket Volley（槍枝射擊） |
ｏ |
| Fire Deck Guns（火砲射擊） |
＋（遠距攻擊取決武器數量） |
| Fire Grenades（手榴彈攻擊） |
＋（遠距攻擊取決武器數量） |
淺藍－防禦系指令 粉紅－攻擊係指令 淡黃－其他 ＋：優勢 ｏ：一般 －：劣勢
|
準備值消耗：低
持續時間：1回合
重新裝填：快
冷卻時間：中
Fire Deck Guns（火砲射擊）
Fire Deck Guns指揮船艦上層甲板大砲對敵方進行齊射，相對敵方的船艦甲板數越多則攻擊力越強
註：若己方船隻上層大砲被全數摧毀或當比敵船甲板數少一層以上時，本作戰指令無法使用
| 敵方作戰指令 |
攻擊效果 |
| Brace（俯身防砲） |
－－－ |
| Defend（防禦） |
＋＋＋ |
| Attack/Counter-Attack（攻擊/反擊） |
－－ |
| Musket Volley（槍枝射擊） |
＋（遠距攻擊取決武器數量） |
| Fire Deck Guns（火砲射擊） |
ｏ |
| Fire Grenades（手榴彈攻擊） |
＋（遠距攻擊取決武器數量） |
淺藍－防禦系指令 粉紅－攻擊係指令 淡黃－其他 ＋：優勢 ｏ：一般 －：劣勢
|
準備值消耗：中
持續時間：1回合
重新裝填：慢
冷卻時間：中
Fire Grenades（手榴彈攻擊）
Fire Grenades讓所有船員向敵方投擲手榴彈，屬中距離攻擊。Fire Grenades在船員人數及甲板數優勢時效果更為顯著，造成的爆炸可以重挫Brace及Defend等定點防禦型指令，然而在面對敵方Attack/Counter-Attack時處於壓倒性劣勢
| 敵方作戰指令 |
攻擊效果 |
| Brace（俯身防砲） |
＋＋ |
| Defend（防禦） |
＋＋＋ |
| Attack/Counter-Attack（攻擊/反擊） |
－－－－ |
| Musket Volley（槍枝射擊） |
＋ |
| Fire Deck Guns（火砲射擊） |
－ |
| Fire Grenades（手榴彈攻擊） |
ｏ |
淺藍－防禦系指令 粉紅－攻擊係指令 淡黃－其他 ＋：優勢 ｏ：一般 －：劣勢
|
準備值消耗：中
持續時間：1回合
重新裝填：中
冷卻時間：中
Disengage（撤退）
Disengage與其說是指令，不如說是狀態。在點選Disengage後船員會開始進行己方和敵方船隻的分離，效果持續的回合中雖然還是可以選擇除Attack/Counter-Attack的其他作戰指令，但因為船員忙於切斷繫船索，會導致所有指令效果降低
Disengage效果持續時：
- Attack/Counter-Attack將無法使用
- 所有作戰指令攻擊和防禦效果降低
準備值消耗：無
持續時間：4回合
重新裝填：無
冷卻時間：無
各作戰指令相剋關係圖
戰鬥紀錄欄
每回合的作戰結果都會被記錄在戰鬥紀錄欄（Battle Log）裡。擊殺數分為遠距擊殺（Fk－Firepower kills）、近距擊殺（Bk－Boarding kills）、其他擊殺（Ok－Other kills）等等
- 遠距擊殺（Fk－Firepowerkills）：由Musket、Deck Guns、Grenades擊殺
- 近距擊殺（Bk－Boardingkills）：由刀劍（Melee）擊殺，主要來自Attack/Counter-Attack
- 其他擊殺（Ok－Other kills）：其他因素，如來自其他未參與甲板戰的船隻砲擊傷害
甲板戰
