序章 幻想的碎片
世界上存在著許多只存在於記錄與記憶之中的傳承與傳說。
比如，現在已經消失的亞歷山大燈塔。
以及船員之間一直流傳的海怪等……
……有一群人一直在追尋著這樣的東西。
１章 邂逅
在哈勃斯堡家統治下西班牙極盡繁盛。眼下的問題在於鄰國法蘭西及奧圖曼土耳其的威脅。另一方面，同樣在哈勃斯堡家統治下的神聖羅馬帝國，則是在混亂的世態下，逐漸開始了追尋某個傳說的動向。
一進到塞維爾，便收到了碼頭官員的傳話。馬賽的酒館姑娘伊萊諾想要見面。總之先前往馬賽港口吧。
在馬賽港口，不僅聽到伊萊諾的召喚，還被一個正在找人的男人叫住了。知道主角沒見過之後，便說要去找其他人。
伊萊諾在馬賽的酒館等待主角的來訪。正在談論巴爾特薩爾的時候，這時，有個人跑進酒館，一副喘不過氣的樣子。
等那個人冷靜下來，卻又開始激烈地咳嗽。似乎是生病的樣子，伊萊諾和主角慌張地趕到她身邊，這時朱利安和克勞斯也來了。
克勞斯就是在港口找人的男人，而他所找的人，就是現在正感到痛苦名為「明娜」的女性。氣喘發作的她先在酒館的房間裡休息，克勞斯很擔心，他手上的藥所剩不多。於是請主角到帕爾馬的交易所買取材料。
２章 取藥
帕爾馬的交易所店主對主角的事情深表同情，豪爽地把藥讓出來。只要到港口去領就好了。
在帕爾馬港口收取藥材的時候，遇到了阿格斯帝諾和巴爾特薩爾。因為被西班牙國王召見，二人沒有多聊很快就離開了。
（馬賽酒館, 伊萊諾） 正把材料交給克勞斯，剛好朱利安也帶著其他材料回來了。這樣一來藥材就齊全了。
克勞斯在一旁調藥時，再次見到了伊萊諾和朱利安。朱利安說因為克勞斯的委託，幫助了被士兵糾纏的明娜。
調完藥的克勞斯回來了。明娜的狀況似乎也好多了。克勞斯說自己是明娜的傭人兼好友，正跟著她一起收集傳說和傳承。
朱利安離去之後，克勞斯付給了主角一筆巨額。明娜和克勞斯還要在馬賽滯留一陣子。
３章 協力
（30天後） 在塞維爾的港口再次見到阿格斯帝諾和巴爾特薩爾。阿格斯帝諾要求把巴爾特薩爾帶到王宮進行謁見。
到王宮見到西班牙國王，他想要「安提里亞」的情報。但是巴爾特薩爾並沒有回應國王的期望，很快就退下了。
從王宮回到港口，巴爾特薩爾只是簡單言謝後便離去了。追隨而去的阿格斯帝諾在離別之際，建議主角到伊萊諾那裡去。
在馬賽的酒館再次見到伊萊諾。明娜提及收集傳承的原因，那勢頭讓克勞斯感到擔心。
明娜繼續說著。看來收集傳承之事與尋找「夢幻之島」有關係。為此她繼續說著可能成為線索的事情。
明娜說她在收集線索的時候總是會碰壁。為了越過那道牆，伊萊諾介紹一個人物給她。巴爾特薩爾認識那個人，於是一行人向帕爾馬出發。
既然明娜要去，克勞斯也要同行。這次似乎也沒有例外。向帕爾馬出發吧。
到達帕爾馬，明娜開始找尋巴爾特薩爾。
尋找巴爾特薩的明娜被阿格斯帝諾叫住了。阿格斯帝諾防範著明娜，但在主角開口後，便指出巴爾特薩爾人在教會。
明娜在教會見到了巴爾特薩爾。告訴他是伊萊諾介紹來的，巴爾特薩爾卻表示沒興趣。這時哥倫布出現了。
哥倫布也在尋找「安提里亞」的樣子，並述說著它的價值。但巴爾特薩爾仍表示不感興趣，當場離去……
哥倫布叫住了巴爾特薩爾，並說找到「安提里亞」對巴爾特薩爾也是有價值的。這時傳來了求援通報。在阿爾及爾岸邊有商船遇到襲擊了。
（海戰）可逃離 在阿爾及爾遇襲的原來是朱利安。
主角們把朱利安護送到阿爾及爾。之後巴爾特薩爾又回帕爾馬去了。看來他是想會不會遇到海雷丁。
但是海雷丁並沒有在帕爾馬出現。哥倫布和巴爾特薩爾在教會交談後，決定要一起行動。
巴爾特薩爾向哥倫布提出協助他一起尋找「安提里亞」。看來他在那裡找到了自己的價值。明娜很高興，說要去向伊萊諾報告跟道謝。
要去見伊萊諾的明娜高興不已。另一方面，巴爾特薩爾……總之先到馬賽見伊萊諾吧。
向伊萊諾報告巴爾特薩爾願意合作時，朱利安出現了。朱利安也願意協助。因為幫忙的人增加了，朱利安和巴爾特薩爾也可以分擔調查。
阿格斯帝諾提防著朱利安。巴爾特薩爾雖然也有些在意，但判斷讓他隨意行動。分配好了調查工作，說好一個月後在馬賽的酒館集合。
４章 地圖的驗證
（３０天後） 經過一個月，再度前往馬賽，遇到了尋找明娜的克勞斯。主角決定在離宮附近尋找。
根據城裡的船員的情報，聽說疑似明娜的人物正在打聽書庫的地點。
明娜在書庫借到書以後，就到一個能慢慢讀書的地方去了。
明娜在教會（西邊教會）。在談起從書庫借的書時，得知明娜開始收集文獻的契機。此時，朱利安出現，告知約定的一個月之期已經過去。到伊萊諾那裡去吧。
在馬賽的酒館分別報告調查結果。雖然恩里克航海王子和英雄哥倫布都沒找到安提里亞，但是據說有標記了地點的地圖。決定以此為線索，在亞速爾附近調查。
出了酒館，巴爾特薩爾隱約看到漸遠的身影……是錯覺吧……
主角們向亞速爾出發。明娜坐上了主角的船。
抵達亞速爾，一行人開始對安提里亞展開調查。於是朱利安提建分別行動。
聽了朱利安分別行動的意圖，於分成兩邊進行調查。主角和巴爾特薩爾、明娜一起調查亞速爾西北方。
主角們負責亞速爾西北方。對於精力旺盛的明娜，巴爾特薩爾慶幸她選了主角的船。
（亞速爾西北海戰）可逃離 在亞速爾西北受到敵襲。
明娜因為自己乘坐的船與海盜交戰，產生了動搖，巴爾特薩爾很難得地向她搭話。雖然看起來很笨拙，但也看得出來是為明娜著想。
抵達亞速爾時朱安利已經到了。巴爾特薩爾對襲擊感到奇怪，朱利安卻完全不在意，只想知道調查結果。但很可惜兩邊都沒有好消息。為了重新開始，決定返回馬賽。
從抓到的海盜的所有物品中找到了收取人不明的書籍，上面用法語寫著指示海盜襲擊巴爾特薩爾的船。對朱利安的懷疑加深了。「安提里亞」到底有著什麼，阿格斯帝諾覺得要尋找的價值無法估量。
朱利安已經做好了出航準備。與巴爾特薩爾等人一起向馬賽出航。
抵達馬賽之後，朱利安和巴爾特薩爾便道別了。為了重整旗鼓，先行解散。二人拜託主角將明娜送到伊萊諾那裡去。
在伊萊諾所在的酒館裡，等待著明娜的是意想不到的邂逅。崇拜的德拉迪斯坎特出現在眼前，明娜興奮得手舞足蹈。但是，當提及安里亞時，就冷靜下來，告訴了他在亞速爾發生的事情。
聽了明娜的話，德拉迪斯坎特說出了調查的頭緒。明娜正在聽的時候，法蘭西的士兵進入了酒館。
來到法蘭西的士兵似乎正在搜查尋找安提里亞的女性。
法蘭西士兵要找的人是明娜吧。雖然伊萊諾用機智讓明娜逃走，卻依然身陷危機。德拉迪斯坎特告誡不要涉入太深就離去了，伊萊諾也說最近最好不要接近馬賽比較好。
５章 「惡魔」的邀約
（航行30天後，馬賽） 一段時間過後再度造訪馬賽，在那裡遇見了受到巴爾特薩爾的指示，觀查朱利安動向的阿格斯帝諾。朱利安正和陌生男子說話。說到巴爾特薩爾，去了帕爾馬後就沒再回來。
巴爾特薩爾在帕爾馬的教會見了哥倫布。哥倫布被追問安提里亞究竟有什麼東西，於是他說出那裡有著掌握全世界的「權威之證」後，便離開了。主角等人帶著該情報回到馬賽。
回到馬賽卻沒看到阿格斯帝諾的身影。似乎是追著朱利安往離宮方向去了。
阿格斯帝諾在離宮監視著朱利安。阿格斯帝諾對他接近重要人物、像在尋找什麼的樣子感到不信任，但朱利安明知被監視，卻不知為何指示要逃到教會。之後，主角和阿格斯帝諾被士兵追捕，便向西邊教會逃去。
逃到該教會，阿格斯帝諾混亂得自言自語，朱利安明明在單獨尋找什麼，就算發覺了也不隱藏，還讓我們逃走，自己當士兵的誘餌。無法理解朱利安的意圖，就這樣返回酒館。
在酒館裡，巴爾特薩爾和阿格隔帝諾分享情報。最後得到一邊警戒各國動向，不得不適當地向朱利安請求協助。另一方面，明娜一邊躲開士兵的目光，在酒館的角落堆積了文獻。
明娜在酒館角落堆起書本，並向店內客人打聽有關安提里亞的事。客人被明娜問得很煩而離開酒館後，發現主角的明娜正打算要說話，卻和崩塌的大量書本，一起倒在地上。
朱利安等人聚集到明娜身邊，一行人看到了明娜的紀錄。這些紀錄清楚地記載著和傳說有關的人類欲望，但明娜說並不打算將其製作成讀物留在世間。在這些資料中，明娜發現了「薩塔納捷」的字眼，吸引了她的注意。於是她便跑向書庫。
明娜推測各地流傳的名為「惡魔之島」的傳說，其實是為了不讓人發現安提里亞，就像薩塔納捷島一樣。為了查明這件事，他提議要去拜訪墨卡托。一行人答應之後，阿格斯帝諾叫住了朱利安。
阿格斯帝諾為在離宮幫忙逃跑之後對朱利安道謝。問起他真正的意圖，朱利安只是扯開話題表示自己的立場就像阿格斯帝諾差不多。對朱利安抱持著複雜的情緒，阿格斯帝諾前往馬賽港口。
克勞斯在港口做出航的準備。他說要去交易所，於是便由其他人去探望因病發作而痛苦的明娜。明娜一反平時明朗的口吻，用非常無神的眼神說：「我想要好好享受當下。」不久後，一行人齊聚，朝阿姆斯特丹港前進。
阿姆斯特丹港停了許多西班牙的軍船。朱利安發現還有英格蘭的軍船混入其中。眾人正打算觀察情況，明娜卻催促大家盡快前往墨卡托宅邸。
墨卡托提供了多個「惡魔之島」的情報，以及從地理學角度進行的分析。此外，明娜還建議要以傳說收集家的立場進行分析就好。聽了情報的明娜，決定深入研究「惡魔之島」，因此要朝亞速爾的更西北邊邁進。
出了墨卡托宅邸，正要討論之後的航線，目擊到一個不像學者的男子進入墨卡托的宅邸。接著西班牙士兵也進入了宅邸，朱利安感覺苗頭不對，便提議盡快回港。
回到阿姆斯特丹的港口，阿格斯帝諾一臉慌張的樣子。有講法語的可疑人士跑進船上，最後卻沒有抓到對方。同時發生了許多問題，眾人感到不安，大家便在這樣的氣氛下，朝著亞速爾港出航。
眾人抵達亞速爾港明娜還打算繼續趕路，但被克勞斯阻止了，一行人決定在亞速爾過夜，養精蓄銳。
（道具店老闆旁） 在亞速爾度過的晚上，發現朱利安跑出房間，出現在街上的角落。雖然向他詢問他在做什麼，但因為睡昏頭的明娜出現而不了了之。第二天，一行人朝著紐芬蘭出發。
（特拉諾瓦北部北北西） 一行人在紐芬蘭附近尋找「惡魔之島」，遭到法蘭西傭兵武裝船的襲擊。接著西班牙海軍出現。一行人聽到「十字架」這個字而產生好奇。但他們必須先趁者交戰的混亂局勢，逃往紐芬蘭。
（與法蘭西傭兵艦隊作戰後前往特拉諾瓦北部上岸點）（法蘭西傭兵艦隊x2／耐590／船員72） 之後他們遇到了失去船的法蘭西傭兵。傭兵提供了可治百病的聖遺物「安提里亞十字架」的情報，以換取物資。該物為權威之證，可預見各國想爭奪該物的野心，但卻缺乏其實際存在的證據。在明娜的提議下，一行人向海上的西班牙船搭話。
一靠近西班牙船，遲來的法蘭西海軍便攻擊西班牙船。一行人被捲入其中的英格蘭船所救，並試圖逃脫，接著連海雷丁也介入了。他當初和法蘭西一起襲擊西班牙船，但之後也一併砲轟法蘭西船。一行人就在情勢混亂下前往波士頓。
（與巴巴里海盜作戰後前往波士頓）（巴巴里海盜x3） 眾人回顧先前的混戰。雖然海雷丁有可能謊稱聖遺物的存在，想要漁翁得利，但卻充滿了可疑之處。在克勞斯的提議下，明娜和巴爾特薩爾一起前往倫敦。另一方面，朱利安和主角為了尋找鄂圖曼帝國，前往馬德拉。
６章 模糊的幻影
到達馬德拉，在進入正題之前朱利安有件在意的事。他們決定先進城再說……
在與朱利安對話途中，朱利安因奧圖曼土耳其兵的襲擊受傷。海雷丁出現指示要活捉，並暗示鄂圖曼帝國內還有其他敵人。
這時巴爾特薩爾出現要求放開朱利安。海雷丁似乎接受了交涉。
聽說巴爾特薩爾從紐芬蘭遇到的英格蘭海軍獲得情報，因此前來救援。在和海雷丁的問答中，他對克勞斯產生了懷疑，要是真的是他的引導，那明娜就危險了。得前往倫敦才行。
在倫敦港口遇到英格蘭海軍萊薩以及商人阿爾貝羅。聽說明娜在克勞斯的倍伴下，從海路朝阿姆斯特丹前進。前往阿姆斯特丹港吧。
以前曾到訪墨卡托宅邸的佛雷德瑞克在阿姆斯特丹港。他只是個荷蘭的運輸商，卻聽說他也聽過各國為了安提里亞而鬥爭不斷。即使被勸告有危險，也不能在這裡停下腳步。得追上說要前往港口另一端的明娜才行。
(船場右方） 找到明娜時已經太遲了，她已經被克勞斯的夥伴抓住了。
克勞斯知道自己的企圖已被發現，便表明安提里亞十字架，其實只是為了讓各國發生衝突而捏造的事情，他樂見世間變得混亂，並讓夥伴帶走了明娜。
被留下的一行人，開始尋找下一步。巴爾特薩爾有自己的想法，要去追尋和傳說有關的真相。而朱利安則說要找出明娜的去向與克勞斯的真實身分，決定暫時個別進行調查，並約好之後在馬賽聯絡或主角可能會去的港口。
７章 暗中對峙
（30天後會在馬賽或其他港口接到朱利安的信，要主角前往塞維爾）(西班牙30天後，直接回塞維爾觸發劇情)
雖然國家的方針是促使國民去尋找夢幻島，但塞維爾碼頭可以看到城裡的人們對國家方針不知所措的樣子。士兵們的監視嚴苛，主角也會遭受盤問，而阿格斯帝諾卻化解了這樣的局面。
阿格斯帝諾說朱利安現在在薩格雷斯。
（薩格雷斯北面海邊找到朱利安） 在薩格雷斯和朱利安會合了。朱利安提議去神聖羅馬帝國的法蘭克福收集情報。
眾人抵達了漢堡港口。沒有愛喧鬧的明娜，朱利安似乎覺得有些寂寞。他催促主角搭乘馬車前往法蘭克福。
（從漢堡搭馬車到法蘭克福，噴泉處城裡的年輕人） 當一行人在法蘭克福廣場向年輕人搭話，想詢問明娜的消息時，那個年輕人竟慌張地逃走了。那個人逃往城鎮北邊，訝異的朱利安提議追上他。
（在西邊的宅邸前找到城裡的年輕人） 一行人追上年輕人詢問，他說自己被各國人士詢問有關明娜的事，所以他不想扯上關係。和年輕人分開後，他被可是克勞斯的同夥給襲擊了。這樣下去主角等人也會被抓──就在此時，有人叫他們躲進宅邸。
宅邸中有著被拋棄的家譜圖和肖像畫。幫助主角等人的男人，說明那些都是因政治鬥爭而滅亡的貴族。他表明自己有個妹妹，叫做維爾海爾明娜。主角等人沒時間深究，克勞斯同夥過來前，他們就離開了宅邸。
朱利安很驚訝自己竟然可以幸運地遇可能是明娜哥哥的人，但他們還是先回到漢堡港口。其實巴爾特薩爾早就和明娜哥哥有所接觸。聽說巴爾特薩爾不追主角等人，而要去做其他事。
（回漢堡碼頭） 回到漢堡港後，發現有人在尋找主角船隻的航海紀錄。若乘船逃走的人是克勞斯的同夥，那只要追上他，或許就能獲得情報。
逃跑的船速度很快，一行人預測該船可能在普利茅斯附近或稍微南邊的地方上岸，因而決定前往當地。
（法蘭西西北岸靠岸地點） 一行人在法蘭西領土內上岸，發見逃跑的船隻與另一艘船隻。一行人下船察看──
發現西班牙士兵和克勞斯的同夥們正在偷偷見面。另一方面巴爾特薩爾詢問哥倫布有關西班牙和克勞斯等人的勾結。知道明娜還活著。之後密會結束。主角等人和阿格斯帝諾重逢，決定前往卡薩布蘭加。
巴爾特薩爾的船隻已經停在卡薩布蘭加港。
和巴爾特薩爾會合的主角等人，聽說克勞斯等人潛伏在錫拉庫薩的地下堡壘，而明娜也被關在那裡。一行人立刻趕往當地。
錫拉庫薩碼頭並沒有克勞斯同夥的身影。得在對方有所行動前，在教會附近找出可以進入堡壘的地方──
一行人從教會旁木門進入堡壘，便在裡面受到克勞斯等人的襲擊。海雷丁突然發出砲擊，使堡壘毀壞。克勞斯和主角交談後，便自行從瓦礫的另一端離開了。主角和被救出的明娜一起逃往懸崖下的海。
雖然平安地救出了明娜，但明娜遭受到克勞斯背叛，心裡覺得很受傷。主角等人先在馬賽落腳。
８章 光之導引
（馬賽） 看明娜內心的混亂無法平息，主角等人決定暫時讓她一個人獨處。一行人為了方便說話，前往伊萊諾的酒館。
他們在酒館聊了堡壘所發生的事。朱利安針對克勞斯的行動想說些什麼，但此時德拉迪斯坎特來訪。他說有事想告訴明娜，於是主角便帶著他去找明娜。說到明娜休息的場所，應該就是教會了吧──
德拉迪斯坎特歸還明娜撕破的資料，說不要視而不見後就離開了。看著資料，發現有一張地圖散發出奇妙的光芒。得回到酒館，和大家一起確認這到底是什麼──
已了解發光的地圖是安提里亞一部分的資料，且是描繪加勒比附近的海圖。明娜舉出引導至傳說中場所的紙片的傳聞，但她又害怕期待落空。看到明娜這樣，主角等人給予她鼓勵，並決定前往聖胡安。
在馬賽港口受到法蘭西士兵的究責，但因為朱利安和吉斯公爵的關係得救了。這樣就不用擔心法蘭西的妨礙了吧……
（聖胡安東邊居民旁，明娜） 但就在聖胡安的調查遇到瓶頸時，西班牙船抵達。一行人很慌張，不過哥倫布是自己願意過來提供建言的。哥倫布說明地圖上的場所是南美北岸附近，將深入研究的事託付給明娜後便離去。
一行人一到聖胡安海域，地圖就像是在回應般地發光。前方究竟有什麼在等著他們呢──主角等人朝著南美北岸的靠岸地點前進。
（南美北岸高地） 當船隻抵達目的地，主角等人進入了一個奇妙的場所。那裡有著廢墟，以及記述抵達安提里亞的人們的筆記。明娜再次確認傳說的由來就是人們最真實的心願。不久一行人回到原本的世界，回到聖胡安。
（聖胡安船匠前） 明娜重新審視自己的心願，投入在撰寫傳說之地的作業中。一行人看到這樣的情景，找到了希望。朱利安還說，克勞斯的選擇，也是有屬於他自己的希望吧。剩下的就是前往主角等人應該回去的地方──也就是馬賽。
伊萊諾在馬賽碼頭等著一行人。聽說還有其他人在等著。
伊萊諾和德拉迪斯坎特前來迎接，主角等人的旅程終於結束。明娜最後說今後也要繼續追尋傳說，留下「故事」，而不單只是紀錄。祈禱那個「故事」能永久流傳下去吧──
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