副本功能是遊戲的一大特色之一，主要獲取相應的技能書、材料、
船隻造圖紙等重要物品提升物品，功能圖示在遊戲正下方，點擊進行參與。
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一、副本基礎屬性
1、現有10個基礎副本，從第1章到第10章。還有序章，用於新手引導。還有1個特殊副本。
2、 每個副本有其專有的獎勵（例如船隻打造圖紙），也有相同的獎勵（例如銀幣、禮金、經驗）。
3、要通關前一個副本，才能打開後一個副本。要通關副本的簡單級別（個人挑戰），才能打開本章節中的困難與地域模式。
4、 困難與地域模式可組隊也可單打。
5、 每天有10次副本通關次數。
6、 每天0點更新一次副本次數。
7、只有通關成功，或者在你退出但你的組隊的隊友通關成功後才會扣除1個副本次數。
8、可通過港口總督府的兌換獲得“挑戰之證”，使用後可獲得1個副本次數。
二、特殊副本
後期版本增加了特殊劇情副本——王朝秘史：謎夢苦海。
玩家可在太平洋上找苦海引路人，通過他的考驗進入新副本。新副本除了玩法更加靈活多變外，還新增加了豪華新船——大明雙龍號。
副本系統
