在通過各個章節的大關並且戰隊達到11級，可開啟精英副本模式。精英副本與普通副本，分別為獨立的兩條故事線。開啟精英副本後，需從第一個關卡開始進行。

        精英關卡有幾率掉落英雄的靈魂石（靈魂石是英雄進化必須之物），消耗的體力是普通關卡的兩倍並有次數限制（每日免費挑戰3次，可使用鑽石重置），對手等級和戰力均大幅提高。精英關卡模式開啟後，在副本介面右上角點擊“精英”按鈕，可切換至精英副本。