星海紀年
星海18年，方舟阿格萊亞最後一次與其他方舟通信，之後與其餘方舟失去聯絡。它們有可能信號被恆星阻擋，有可能距離太遠失聯，也有可能已被魔質侵蝕。從此阿格萊亞成為人類倖存者僅存的希望。
星海22年，阿格萊亞遭遇一艘追來的小型魔質艦船。此時，人類根據對X物質的解析，以瑞芬克斯方程為理論基礎，研製出了一些暗物質武器，成功地阻擋了這艘小型魔船。但阿格萊亞自身也遭受了極大損失。因此方舟評審會決定暫不回航，而是繼續前進，一邊積蓄力量發展武器，一邊尋找其他希望。之後陸續擊退零星先頭部隊，都以慘勝告終。
星海28年，阿格萊亞到達一顆目標行星阿卡迪亞（Arcadia）。對此行星作簡單探索後，發現這是另一處星際遺跡。在此遺跡中，也有X物質以休眠（或稱為封印）的形式存在。不過這一次人類吸取了教訓，沒有貿然將其驚醒。在這個遺跡中，人類發現了「歐米加文本」，對其破譯後瞭解到了關於X物質的詳細資訊。
——歐米加文本以五種外星文字寫成，因而能夠根據詞頻分析猜測出一些關鍵的文字含義，比如數字等。假設五種外星文字是同一段話的翻譯（後證明正確），根據這個文本進行機器語言分析後，就瞭解了文本的意義。但是因為沒有聲音（我們甚至不知道外星人是否會發聲），所以對一些專有名詞只能根據人類語言隨意命名。
——五種語言中，四種屬於被X物質所消滅的文明（仍有一些倖存者，但文明本身斷絕了），最後一種屬於一個被人類命名為「歐米加」的文明，位於埃裡希姆（Elysium）星系，它們戰勝了X物質，但無法將其消滅，而是將之封印在那些被侵染的原文明星球上。
——根據歐米加文本，瞭解了X物質的本質，以及應對方法。人類開發出了暗物質共軛相位武器，也學會了對星塵的利用，終於有了一定程度的自保之力。
——歐米加文本描述地球所在的星域過去曾遭到X物質的侵蝕，許多文明被毀滅。這一區域（銀河旋臂的一段）分佈著不少外星遺跡，也因此被劃為「封印X的監獄」。歐米加文明在這一區域周圍設立了警告訊息，阻止其他文明進入。但未曾料到在這一片死寂的星域中，竟然又有新的文明頑強重現。根據阿格萊亞的推算，地球文明在魔質肆虐的時代，剛好處於6500萬年前的生物大滅絕，因為小行星撞擊和隨之而來的冰河時期，地球生命活動降到極低，因而躲過了X物質的侵染。
——人類所在的星域屬於遺跡星域，這也解釋了為何人類之前一直未能發現外星文明。（黑暗森林並非真的黑暗，而是因為其他的獵人都病死了。）
——瞭解了歐米加文本所攜帶的信息後，阿格萊亞做出決定：沿著銀河旋臂中的遺跡前進（這條路線被稱為星之輝路），一路探索（人類的武器已經能夠應對遺跡中被降低活性的X物質），並最終前往歐米加所在的埃裡希姆。
星海36年，阿格萊亞遭遇追擊而來的魔質艦隊第一波主力。它們的力量大大超出人類預期，雖然擁有了有效的武器（並且已經有一部分人類擁有了初步的星塵超能力），仍然造成了巨大的損失，甚至方舟都遭受重創，人口銳減。為了補足人口，啟動了女媧計劃，使用基因優化和克隆技術來有計劃地製造人類。一開始數量較少，當技術成熟後就逐漸加快腳步。隨之而來的就是一些新的社會問題，包括對這些新人類的不平等對待、新人類帶來的人口低齡化現象、以及新人類本身的心理問題。
星海44年，隨著第一批新人類進入少年期，前述的一些問題開始暴露。為了對這些新人類進行培養，開始籌備建立星海學院。
星海50年，星海學院建立。
星海56年，第一批學生畢業，成為了抗擊X艦隊的中堅力量。
星海64年，我們的遊戲正式揭開序幕……
星海紀年
