背景
可否想過在未來，我們人類或許應經不生活在我們世代繁衍的地球上，而是開始星際殖民時代，這就是《星紀傳說》的起源。
故事以這樣的敘述開始：我們人類由於過度殖民外星，被外星不知名生物「X物質」攻擊，以至於人類失去了所有的領地星球，只能居住在用炸成8塊的小行星上的地基做出的方舟太空船上，流浪在茫茫宇宙之中...2號方舟阿格萊亞號即將發生一次歷史事件，在它這裡，科學家研究新一代人類，用於崛起人類，統治宇宙。
由天機院、龍皇院、神御院在研究著這一新型科技培訓新人類計劃，那年是星海歷四十四年，在星海六十年時，培育計劃已經相當的完美，培育出來了一批新人類，他們天賦異稟，肩擔著復興人類的歷史使命，就這樣，他們走向消滅「X物質」戰鬥中，以此，來保護人類，捍衛人類。 故事發生在未來科技高度發達、人類開始星際殖民的「星紀元」時代。
人類的母星地球以及殖民星球，在幾天內被不明「X物質」侵襲，全部失守。為了生存，僅存的人類把一顆小行星炸成八塊，建立了8艘方舟太空母船，開始在太空流浪。是為新紀元「星海紀元」的開始。
遊戲故事的發生地是方舟2號阿格萊亞號。肩負延續人類文明的重任，阿格萊亞號決定利用克隆技術和基因優化來培育新一代人類。
星海44年，星海學院建立，天機院、神御院、龍皇院負責培育不同技能的新人類。星海60年，遊戲開場。一批13歲左右的孩子被集結起來，他們當中既有熱血少年，也有蘿莉御姐型天才少女；既有阿格萊亞統治者後代的高等人，也有地下城出生的劣等人……
作為星海學院的一員，玩家被通知將要入學開始新的生活，在助手的協助下，玩家開始探索方舟及宇宙，並獲得精美卡牌，不斷提升卡牌技能，邀請好友並肩同「X物質」戰鬥，一起守護宇宙流亡人類最後的火種。
劇情主線
