特別篇
超夢重現 風雲再起
劇情介紹:在人跡罕至的一塊淨土上,超夢和複製的神奇寶貝過著平靜的生活,但是發現了超夢的阪木卻暗中進行著不為人知的秘密計畫,最後連小智們也被牽連其中,開始了一場攸關超夢和複製的神奇寶貝們命運的壯烈戰役…
人物介紹:小智:以神奇寶貝大師為目標持續旅行的少年。今天也精力充沛地朝向清澈崖出發!
小霞:華藍市道館四姊妹中的老么,水系神奇寶貝專長,極端怕蟲的活潑女孩。
小剛:被甩過無數次的瞇瞇眼小生,立志成為一流飼育家的他,對大姐姐的魅力完全無法招架。
露嘉:清澈崖繞山巴士的司機,露娜的姊姊。
露娜:清澈崖巴士站兼旅館的老闆娘,同時也是自然學家,對清澈崖的自然環境相當瞭解,也因此不希望人類進入這個未受污染的世外桃源。
貝尼斯里納:醫學博士,為了研究明鏡湖的湖水而來到清澈崖。
坂木老大:邪惡集團「火箭隊」的首領,一心想將超夢的力量據為己有。
朵迷諾:和貝尼斯里納同行的國立神奇寶貝研究所員,裝可愛功夫高超。實際的身份是…?
神奇寶貝介紹:超夢:從夢幻複製而來,號稱最強的神奇寶貝。(基因神奇寶貝)
雷公 雷的傳說
劇情介紹:若葉鎮的健太培育神奇寶貝與人對戰和神奇寶貝一起變強,在這個世界是極為普通的男孩子。他與伙伴火暴獸們一同旅行。有一天,在他落腳的神奇寶貝中心,偶然與青梅竹馬的瑪莉娜再度見面。想彼此確認對方現在的實力,兩人展開了神奇寶貝對戰,但突然間足以震動大地的驚人雷聲轟下,天空佈滿了雷雲,閃電也打了下來…
人物介紹:健太:出身於若葉鎮的少年,和伙伴神奇寶貝一起成長、變強是他的旅行目標。似乎暗戀瑪莉娜?
瑪莉娜:目標是成為受歡迎的偶像訓練家,對穿著披風的帥哥沒有抵抗力。
純一:動作表情都很誇張的喜感少年。喜歡瑪莉娜,但瑪莉娜的心意是……?
巴修:隸屬於火箭隊特務工作部,是個不苟言笑的人,做任何事情都相當認真。
普森:隸屬於火箭隊特務工作部 ,個性粗暴。
空木博士:城都地區的神奇寶貝學者,大木博士的得意門生。
工藤:空木博士的朋友,前來協助健太一行人。
米那君:城都地區傳說神奇寶貝研究者。
神奇寶貝介紹:雷公:傳說神奇寶貝,電系神奇寶貝的守護神,降臨時天空會出現金色的雷雲。(雷鳴神奇寶貝)
火暴獸:從火球鼠時期就跟著健太一起旅行,健太總是稱牠「我們的隊長」,是個實力頗強的傢伙。(火山神奇寶貝)
大針蜂:健太的神奇寶貝,扮演著偵查兵和救難大隊的角色。(毒蜂神奇寶貝)
夢妖:瑪莉娜的神奇寶貝,暱稱小夢,通常沒有收進寶貝球內,而是跟在瑪莉娜身邊飛。(尖叫神奇寶貝)
大菊花:純一的神奇寶貝,陽光烈焰的威力強大。(香草神奇寶貝)
短篇輯
皮卡丘的歡樂聖誕(1999)
皮卡丘的歡樂聖誕(2000)
皮卡丘的歡樂聖誕(2001)
皮卡丘歡樂大點名