相同部分
主線劇情沒有變動
同伴的加入離隊，劇情道具的入手與功能都與初版一樣
地圖除了3D化外都和初版一樣，只是有些地方多了幾個寶箱
異常狀態的判定與順序位元次與初版一樣（有待進一步確認）
變動部分
敵人資料與行動腳本大幅度更改
添加技能之書系統，添加新技能，原有某些技能功能有所更改
添加迷你遊戲和小幻獸系統
武器裝備者有所變動，弓變為羅莎專用，爪變為楊專用
戰鬥中添加『自動攻擊』指令
原GBA版追加要素取消，添加兩個隱藏boss
完美收集需要至少三周目
添加地圖行走開放系統，地圖完成可拿到獎勵
增添了少許對話，其中有些揭露了巴倫王國歷史的內幕
增添了哈明威家族支線。通過支線可以開放圖鑒等功能還可以拿到技能道具
巴哈穆特戰鬥觸發條件由對話觸發改變為行走觸發（接近就開戰）
赤い翼改為赤き翼………
巴倫城門不用按開門制就會自動開門……
不能改名字
加了暫時存檔，但讀取後消失
敵人掉落GIL減少
大量買進同一道具會有折扣
所有角色升級所需的經驗值相同
武器強制裝備在右手,沒有左右手能力分別
武器全部單手持,弓除外………
武器和防具的數值某部份作出改動
矢不會消耗,有一個就可以
道具上限不能超過99個
肥陸行鳥用途改為幻獸養成,怪物圖鑒,音樂和動畫鑒賞
4A最終BOSS前儲存點沒有了………
增加周目繼承重要道具和技能
版本差異
