背叛者的行動
在燃燒軍團對梣谷展開入侵期間，伊利丹結束了他在地牢中近萬年的囚犯生涯。他曾盡力讓他的夥伴對他安心，但很快他就原形畢露。在他吸收了一個被稱為 “ 古爾丹之顱 ” 的強大神器之能量後，伊利丹變化成了一個擁有惡魔外表和強大力量的生物，他還獲得了古爾丹的一部分記憶，特別是關於薩格拉斯之墓 — 那座傳說中位於一座小島上，埋藏著黑暗魔神薩格拉斯遺骸的地牢。
重新獲得力量和自由的伊利丹，急於證明自己的價值，然而他碰上了基爾加丹。這個惡魔向他提出了一個難以抗拒的提議：基爾加丹對阿克蒙德在海加爾山的失敗非常惱火，不過他還有比復仇更重要的事情要做；在覺察到自己的傑作巫妖王變得過於強大而難以控制之後，基爾加丹命令伊利丹去除掉耐奧祖，並永遠清除亡靈天災的力量。而作為交易的條件，就是伊利丹將會得到巨大的力量，並在燃燒軍團的領導群中佔有一席之地。
伊利丹同意了這個計畫，並立刻開始準備摧毀囚禁著巫妖王靈魂的冰晶塊：冰封王座。伊利丹知道他需要一件強大的神器來摧毀冰封王座，於是他準備用從古爾丹的記憶中得到的知識，去尋找薩格拉斯之墓並得到黑暗魔神的遺物。他從黑暗的深海巢穴中召喚出那些像蛇一般的那迦，在狡猾的首領瓦辛的帶領下，那迦一族幫助伊利丹尋找傳說中薩格拉斯之墓所在的破碎島嶼。
在伊利丹和那迦出發的同時，典獄官瑪維 · 影歌也開始了對伊利丹的追捕。瑪維在這一萬年裏一直擔任伊利丹的看守，因此她相信自己可以重新抓獲伊利丹；然而狡猾的伊利丹讓瑪維和哨兵們的努力化為泡影，並成功竊取了薩格拉斯之眼。伊利丹帶著這個強大的神器來到之前被毀滅的魔法之城達拉然。當城市裏的能量裝置強化了伊利丹的力量後，他開始使用薩格拉斯之眼施展一個毀滅性的法術，來對付位於遙遠諾森德大陸上的巫妖王。伊利丹的法術粉碎了巫妖王的防禦力量，並割裂了世界之脊。在最後的時刻，這個毀滅性的咒語被趕來支援瑪維的瑪法里奧和女祭司泰蘭德所阻止。
伊利丹很清楚，基爾加丹絕對不會對他的失敗善罷甘休，便逃向荒涼的外域，這裏是德拉諾的殘留地區，也曾經是獸人的故鄉。伊利丹決定在這裏避避風頭，並計畫他的下一步行動。在成功地阻止了伊利丹之後，瑪法里奧和泰蘭德打算回到梣谷的家園去照顧他們的人民；然而瑪維並不打算善罷甘休，她尾隨伊利丹來到外域，下決心要把他帶回去接受審判。
血精靈的崛起
此時，亡靈天災已將羅德隆和奎爾薩拉斯兩地，徹底變成了充滿劇毒的瘟疫之地。那裏只有一些小規模的聯盟抵抗力量仍在苟延殘喘。其中的一個組織的主體是由高等精靈所組成，他們的領導者是逐日者王朝的最後一個成員，凱爾薩斯王子。作為一名出色的法師，凱爾小心翼翼地在幾近覆滅的聯盟中成長。高等精靈對家園的淪陷非常悲痛，為了向死去的同胞表示敬意，他們改稱自己為血精靈。
當血精靈奮力遏制亡靈天災的攻勢時，他們因為離開了太陽之井這個力量的源泉而備受煎熬。為了緩解部屬們與生俱來的對於魔法的饑渴，凱爾做了件令人無法想像的事情：他接受了他們的高等精靈的祖先所演化的新種族 — 那迦伸出的援手，抱持著找到一個新魔法力量之源的希望，加入了伊利丹和他的那迦部隊。殘餘的聯盟領袖譴責血精靈為叛徒，並將他們永遠驅逐。
走投無路之下，凱爾和他的血精靈們只得跟隨伊利丹來到外域，並幫助他對付典獄官瑪維。瑪維本已將伊利丹抓獲，卻被血精靈和那迦聯手擊敗，伊利丹也被重新解放。伊利丹將外域作為自己的基地，為了向巫妖王和他的寒冰皇冠要塞發起新一波的進攻而聚集著力量。
瘟疫之地的內戰
巫妖王耐奧祖知道自己已經時日不多了。被囚禁在冰封王座之中的他，懷疑基爾加丹會派出手下來毀滅自己，而伊利丹的咒語造成的傷害破壞了冰封王座，巫妖王的力量因而一天天地流失。於是急於自保的耐奧祖，趕緊將他最強大的手下 — 死亡騎士阿爾薩斯召喚到身邊。
此時阿爾薩斯的力量隨著巫妖王的虛弱而漸漸流失，他陷入了羅德隆的一場內戰中。因阿爾薩斯力量減弱而脫離其控制的女妖希爾瓦娜斯 · 風行者，領導著半數的亡靈軍團發動了一場試圖顛覆阿爾薩斯統治的政變。正當戰鬥擴散到整個瘟疫之地時，阿爾薩斯被巫妖王所召喚，只得把領導權移交給他的副官克爾蘇加德。
最後，希爾瓦娜斯和她的亡靈叛軍（他們自稱為被遺忘者）將羅德隆都城的廢墟占為己有。被遺忘者在都城的殘骸下建立起自己的基地，他們發誓要擊敗天災，並將克爾蘇加德和他的僕從趕出大陸。力量不斷遭到削弱的阿爾薩斯，仍決定以援救他的主人為第一要務。他到達諾森德後，卻發現伊利丹的血精靈和那迦已經先他一步到了那裏。於是，阿爾薩斯和他的蛛網怪只得與伊利丹的部隊彼此爭奪，他得要率先到達寒冰皇冠冰河，並保護受損的冰封王座。
巫妖王的勝利
即便是在如此虛弱的情況下，阿爾薩斯最後仍以策略戰勝了伊利丹，並率先抵達了冰封王座。阿爾薩斯用他的魔劍霜之哀傷擊碎了囚禁巫妖王的冰牢，並獲得了耐奧祖靈魂附著的頭盔和胸甲。阿爾薩斯將擁有無盡力量的頭盔戴到自己的頭上後，就成為了新的巫妖王。正如耐奧祖長久以來一直計畫的那樣，他和阿爾薩斯的靈魂合體，成為一個強大無比的生物。伊利丹和他的軍隊被迫屈辱地逃回外域，阿爾薩斯則成了這個世界上最強大的生物之一。
現在的阿爾薩斯作為新的不朽的巫妖王，佔據著諾森德大陸，據說他正在那裏重建寒冰皇冠城堡，而他所信任的副官克爾蘇加德則統領著瘟疫之地的天災部隊；希爾瓦娜斯和她的反叛亡靈之勢力僅僅能控制著提瑞斯法林地，那只是被飽經戰亂的羅德隆王國的一小部分。
古老的仇恨 - 卡林多的開拓
儘管獲得了戰爭的勝利，但艾澤拉斯的各種族卻發現他們的世界早已被戰爭所摧毀。亡靈天災和燃燒軍團毀滅了羅德隆的文明，卡林多也幾乎遭受同樣的命運。這裏有飽經創傷的森林需要治癒，有無邊的仇恨需要忘卻，人民需要新的家園來定居。戰爭重創了每一支種族，但他們想要無私地合作，創造一個新開端的話，這一切都得從聯盟和部落之間極為來之不易的停戰開始。
薩爾領導著獸人來到卡林多大陸，他們在牛頭人同胞的幫助下，建立了一個新的家園。獸人們以薩爾被暗殺的父親之名，將這新的國家命名為杜隆坦；他們定居下來，並試圖重建他們那一度輝煌的獸人文明。現在惡魔的詛咒被終結了，部落從一股好戰的狂暴軍團變成了一個較鬆散的聯盟，生存與繁榮是他們的首要任務。在高貴的牛頭人和狡猾的暗矛部落食人妖的協力幫助下，薩爾和他的獸人們期盼著一個和平新紀元的到來。
吉安娜 · 普羅德摩爾手下殘存的聯盟力量則定居在南卡林多。他們在東海岸的塵泥沼澤附近建立了簡陋的港口城市塞拉摩。人類和矮人同盟合力在這片充滿危險的土地上生存，儘管杜隆坦和塞拉摩的防禦力量彼此暫時停戰，但這個脆弱的殖民地之平靜時光，並不意味著最終的和平。
之後人類和獸人間的和平，被一支抵達卡林多的龐大聯盟艦隊所破壞。海軍上將戴林 · 普羅德摩爾（吉安娜的父親）率領這支艦隊，在阿爾薩斯毀滅羅德隆之前便離開了那裏。海上數月的航行令人筋疲力盡，但是普羅德摩爾仍然尋找著一切他可以找到的聯盟倖存者。海軍上將普羅德摩爾的艦隊，對該地區的穩定造成了嚴重的威脅，作為一位在第二次戰爭中聲名顯赫的英雄，吉安娜的父親是部落的死敵，他決心在獸人站穩腳跟之前摧毀杜隆坦。
普羅德摩爾強迫吉安娜做出一個艱難的抉擇：支持他對抗獸人並且背叛她的新同盟，或者與她的親生父親交戰，來維護聯盟和部落之間來之不易的脆弱和平。在一番內心交戰之後，吉安娜選擇了後者，她幫助薩爾打敗了她瘋狂的父親。不幸地是，海軍上將在吉安娜向他證明獸人已經不再是嗜血的怪物，並與他和解之前就戰死了。出於吉安娜對部落的忠誠情義，獸人們同意讓她的部隊安全地回到塞拉摩的家園。
魔獸爭霸3X：冰封王座
