羅德隆的天災
經過數月的漫長準備，克爾蘇加德率領他的詛咒教派，向羅德隆發起了第一輪攻擊，釋放了亡靈瘟疫。烏瑟爾和他的聖騎士們開始調查受瘟疫感染的地區，希望能找到一種解救的辦法；他們不斷地努力，但是瘟疫仍然在擴散，甚至威脅到了聯盟的統一。
亡靈的威脅橫掃羅德隆，國王泰瑞納斯的獨子 — 阿爾薩斯王子此時肩負起對抗亡靈天災的重任。阿爾薩斯成功地消滅了克爾蘇加德，但是亡靈的軍隊並沒有因此而減少，反而有更多陣亡的人類士兵成為了新的亡靈；面對勢不可擋的強大力量和失敗的挫折感，阿爾薩斯設法採取了更極端的應對措施。阿爾薩斯的戰友們因此而憂心，並告誡他不要因此喪失了高貴的人格。
但阿爾薩斯的恐懼和獨斷，導致了他最後的覆滅命運。他追蹤瘟疫的源頭直到諾森德大陸，想要徹底消除瘟疫的威脅；然而，阿爾薩斯王子不知道他已經陷入了巫妖王的圈套。他拔出了被詛咒的魔劍 — 霜之哀傷，因為他深信這麼做就有力量可以挽救自己的臣民，但這把劍雖然的確給他帶來了無與倫比的魔力，但它同時也奪取了王子的靈魂，使他變成巫妖王手下最強大的死亡騎士。徹底喪失心智的阿爾薩斯帶領亡靈天災回到了自己的王國，並刺殺了他的父親 — 泰瑞納斯國王，隨後又率領巫妖王的大軍，踏平了整個羅德隆。
太陽之井 - 奎爾薩拉斯的淪陷
雖然阿爾薩斯打敗了在他面前的所有敵人，但他卻擺脫不了克爾蘇加德的鬼魂糾纏。鬼魂告訴阿爾薩斯，為了巫妖王的下一步計畫，他必須重新復活，而其方法就是把他的屍骨帶到高等精靈王國奎爾薩拉斯的太陽之井去。
阿爾薩斯率領亡靈天災侵入奎爾薩拉斯，將精靈圍困在脆弱的防線後。銀月城的遊俠領袖希爾瓦娜斯 · 風行者雖然奮勇戰鬥，但仍不敵阿爾薩斯的大軍；阿爾薩斯摧枯拉朽般地擊潰了精靈的部隊，順利進入了太陽之井。為了展示他的力量及殘酷的手段，他把希爾瓦娜斯的遺體變成永遠不死的女妖，並永遠向阿爾薩斯這個奎爾薩拉斯的征服者效忠。
最後，阿爾薩斯把克爾蘇加德的屍骨浸沒在太陽之井的聖水中。雖然永恆的聖水因此受到了污染，克爾蘇加德卻復活成為了一個法力強大的巫妖，重獲新生之後的克爾蘇加德，向阿爾薩斯說明了巫妖王的下一步計畫。當阿爾薩斯和他的亡靈軍隊揮師南下時，奎爾薩拉斯已是死寂沉沉。屹立了九千多年的高等精靈王城，從此不復存在。
阿克蒙德的歸來和卡林多之旅
克爾蘇加德復活之後，阿爾薩斯就率領亡靈天災殺向了達拉然。他們要在那裏得到麥迪文之書，然後用它來召喚燃燒軍團的前線統帥阿克蒙德，好讓他親自率領燃燒軍團發起最後的進攻。雖然肯瑞托的法師奮力抵抗，還是無法阻止阿爾薩斯的軍隊奪得麥迪文之書。很快，克爾蘇加德就湊齊了施展開啟次元門魔法所需的神器。在距第一次入侵艾澤拉斯世界失敗的一萬年後，強大的惡魔阿克蒙德和他的部隊終於再次浮現在艾澤拉斯世界的上空。然而，達拉然並不是他們的最終目標；在基爾加丹的命令下，阿克蒙德和他的惡魔跟隨亡靈天災到達了卡林多，他們計畫要摧毀世界之樹 — 諾達希爾。
在這場混亂當中，一個孤獨而神秘的預言者開始指引這些危難之中的弱小種族。這個預言者不是別人，正是最後一位守護者 — 麥迪文，回到艾澤拉斯的他正在努力挽救自己犯下的錯誤。麥迪文設法告知獸人部落和人類聯盟，危險就在眼前，雙方應該即刻聯合起來；但是由於世代交惡，他們在眼前是不可能合作的。麥迪文不得不分別使用預言術或者欺騙的手段，來引導獸人和人類們渡過大海，前往傳說中的大陸 — 卡林多。獸人和人類很快就遇到了隱居很久的卡多雷文明。
薩爾領導的獸人經歷了千辛萬苦，在卡林多的荒地上展開了探索。儘管友善的牛頭人凱恩 · 血蹄和強壯的牛頭人戰士感恩慷慨相助，但很多獸人還是開始屈服於折磨他們多年的殺戮慾。薩爾的副官 — 格羅姆 · 地獄咆哮 — 甚至背叛了獸人部落，屈服在這種由惡魔帶來的慾望。當格羅姆 · 地獄咆哮和他的戰歌氏族在梣谷遇到了遠古夜精靈的哨兵時，守護森林的半神塞納留斯在確認獸人顯示出好戰的本性之後，便親自前來驅逐這些獸人。然而，地獄咆哮和他的手下被無盡的仇恨和憤怒所控制，反而殺死了半神塞納留斯，玷污了古老的森林。最後，回復本性的地獄咆哮，用盡最後的力氣幫助薩爾，打敗了瑪諾洛斯 — 這個當初利用自己充滿仇恨和憤怒的鮮血詛咒獸人的惡魔領主，並贏回了自己的榮譽。隨著瑪諾洛斯的死去，獸人也從惡魔的詛咒中永遠解脫了出來。
當麥迪文勸說獸人和人類組成聯盟的時候，夜精靈仍依靠他們的力量獨力對抗著燃燒軍團。雖然夜精靈的大祭司泰蘭德 · 風語者獨立奮戰，將惡魔和亡靈抵擋在梣谷外，但泰蘭德也感到她需要援兵，於是她前去喚醒沉睡了數千年的德魯伊們。有了愛人瑪法里奧 · 怒風的幫助，泰蘭德成功地加強了防禦，暫時擊退了燃燒軍團和亡靈天災的攻勢。
在尋找更多沉睡的德魯伊時，瑪法裏奧發現了關押他的親生兄弟伊利丹的石牢。泰蘭德相信伊利丹將助他們一臂之力，於是就把他釋放了出來；但伊利丹雖然確實幫助了他們一段時間，但他最後他還是選擇走上了自己的邪惡道路。
雖然夜精靈團結一心，堅決抵抗燃燒軍團，然而燃燒軍團一刻也沒有停止過對永恆之井的渴望，始終妄想得到世界之樹的無限力量；如果他們的計畫得逞，世界將在這群惡魔的手中徹底毀滅。
海加爾山之戰
在麥迪文的指導下，薩爾和卡林多的人類部隊首領吉安娜 · 普羅德摩爾體認到，他們必須將分歧拋之腦後。同時，瑪法里奧和泰蘭德領導的夜精靈，也意識到他們必須團結起來才能保護世界之樹。在達成共識之後，艾澤拉斯的各個種族開始盡最大可能加強世界之樹的防禦工事。瑪法里奧依靠所有人的力量，成功地釋放出諾達希爾的怒火，徹底消滅了阿克蒙德，將燃燒軍團從永恆之井趕了出去。這場最後的戰役震撼了卡林多的大地，未能吸取永恆之井能量的燃燒軍團，在艾澤拉斯聯合陣營的威力面前灰飛煙滅。
魔獸爭霸3：混亂之治
