故事介紹
厄爾畢斯事件結束後的兩個月，世界再次恢復了和平，為了解決能源問題反抗軍的同志們決定與新‧Neo Arcadia的人員重修舊好，於是領導者雪兒寄了一份新能源研究計畫system.ciel給新‧Neo Arcadia，希望能達成協議．．．
這一天，反抗軍的同志們偵測到在雪原落下的戰艦中，有著與黑暗妖靈有相同反應的巨大能量，於是，雪兒與傑洛便帶著同志們一起前往該地調查。傑洛為了保護反抗軍的安全，於是打算自己孤身進入謎之戰艦中調查，同時，收到情報的新‧Neo Arcadia的三天王們，也來到了此處調查，在戰艦的深處，有謎之聲正呼喚著傑洛．．．
新‧Neo Arcadia人員介紹
拜魯博士100年前利用黑暗精靈引發妖精戰爭被Neo Arcadia放逐到宇宙的科學家，100年後為了得到新‧Neo Arcadia領導者的位置重回地球並統治整個世界報復人類，擁有能讓死去的思考型機器人復活的技術，而將複製艾克斯復活藉此利用。
奧米加100年前藉由暗黑精靈的力量引發妖精戰爭大肆破壞世界的大型思考型機器人，為了防止他再次引發妖精戰爭而被放逐到宇宙，這次跟著拜魯重回地球。再次吸收黑暗精靈，擁有更強大的力量。
八神官擁有平常狀態是人類外型，戰鬥時會變身為獸型戰鬥機器人的能力。輔佐再次復活的新‧Neo Arcadia領導者複製艾克斯的「新‧Neo Arcadia中央評議會」八位議長，表面上服從著複製艾克斯，實際上卻聽命於拜魯博士。
暗黑妖精原名為馬薩精靈(Mother Elf)。最初是為了結束非正規機器人的戰爭而被製造出來的，但是100年前卻被拜魯偷走改造成了黑暗精靈而引發妖精戰爭。妖精戰爭結束後被艾克斯封印在Neo Arcadia的世界樹中，被厄爾畢斯兩個月前偷走，現今下落不明。與傑洛似乎認識。
複製艾克斯新‧Neo Arcadia最高領導者，三年前被傑洛消滅，此次經由拜魯之手再次復活。拜魯復活複製艾克斯的目的只是想利用他，不過複製艾克斯卻不知情...
八神官
左炎審官 曼陀羅火碎龍-燃燒使徒‧佛倫德地熱機械設備用的思考型機器人，被拜魯改造成戰鬥用機器人。尾巴的部份內藏半自立的探針，在深層岩漿調查分離率時使用。
性格上雖熱血，但因被設定成「管理用」使得他必須保持正經的態度。
左冰審官 凍葬的死兔-小童‧兔子依娜 特殊高速機動處理化過的思考型機器人，為防止機身過熱而附有操控冷氣的能力，具有放出冷氣將周圍的水氣凝固的能力。
有著趁著對手凍結時以冰刃刺殺對方為樂的興趣。憑著雙足內裝置的鞋釘，他在冰上的速度可說無人能及。外表雖然如同小鬼，但個性在拜魯手下中卻是屬一屬二的狂暴。
右雷審官 神死慟瞑-地獄蝙蝠‧席魯多擅長以小型蝙蝠偵察機蒐集情報，運用防禦及擾亂戰術的人，習慣先取得敵人的情報後再作戰。
身體佩戴著稱為風之縛的帶電防護罩，風之縛除了具有相當優良的防禦效果外，反彈時還可產生電場。
同時發射具方向性的電磁颶風以及探查用超音波，能使對手暫時陷入狂暴狀態，隱形攻擊的專家。
月光審官 殺刃祈禱師-死亡舞曲‧祈禱螳螂與其說是純戰鬥用機器人，不如說是為了處刑才開發的思考型機器人。在武裝評價試驗中，曾有同時在五分鐘以內把20個實驗用的同型機器人全砍成兩半的記錄。被稱為「死神之鐮」，他的武器為運用精密技術所磨製的超硬質銳刃。在他攻擊軌跡上的敵人只有死路一條。
右炎審官 百念的狐毒-邱比特˙芙可絲塔能遙控火焰九尾進行攻擊，除了能讓周遭大氣溫度發生巨變之外，更能發動海市蜃樓實行幻術矇騙對手，生性喜好激怒別人、迷惑對手，對實際戰鬥的結果並不關心。
右冰審官 超球冰霸王-冰河王‧李‧卡克坦克拜魯成員中少數為了人類而開發的思考型機器人。運用身體內部的大型水槽以及化學設備，可為新‧Neo Arcadia無法保護到的遠地進行防疫、補給的工作。
除了可在耐寒的雙層裝甲包覆的巨體內部所生成的冰柱攻擊外，還可利用手部的分離式儲水容器作迴旋攻擊，輕鬆的將敵人粉身碎骨。
左雷審官 能鰻雷神-電壓伏特‧拜布羅為了在水中放出極高電壓的導電體而開發的思考型機器人，具有水用機器人特有的流線型身軀，為了配合水壓的流線型身體，身體容量被壓縮導致發電單位無法有效防禦，也因為發電單位隨時會放出電磁波而容易影響頭腦迴路，因此必須定期做檢查，也因為這樣導致他的性格以及言語都相當奇怪，除拜魯的直接命令外，其餘命令幾乎不接受。
冥闇審官 咬哭的守護-反叛審查人‧地獄犬里安擁有三個獨立的思考迴路，可討論出結論之後在作公正的判決─這就是審議型思考型機器人的設計。
磁碟拿取
這次ZERO3所要收集的不是精靈而是180張磁碟
磁碟分布
基地：023，044，058，092，099，106，107，116，165，166，167，168，169，170，171，172，173，174，175，176。
1.こわれたウチュウセン
007.024.037.050.101.111.133.140.156.158.
2.アグニスかざんの基地
008.026.047.072.073.102.114.141.146.152.
3.カイジョウのハイウェイあとち
005.009.049.059.075.079.113.159.160.161.
4.ヘイキ再生工場
012.052.053.084.093.100.104.115.131.147.
5.旧きょじゅうく
001.013.028.039.048.067.074.112.135.145.
6.ミサイル工場
021.030.055.057.090.098.117.127.138.139.
7.ゆうやみの砂ばく
022.031.065.085.089.091.105.118.153.154.
8.アナトレ-のモリ
002.014.040.063.071.076.108.119.134.157.
9.コオリのゼンセン基地
015.032.035.066.068.109.120.128.132.136.
10.エリアX-2
034.042.061.062.069.070.077.110.121.137.
11.エネルギ-しせつ
004.056.064.078.082.095.124.149.150.155.
12.セツゲン
003.025.029.046.060.086.103.123.130.162.
13.すいぼつしたトショカン
010.016.017.018.033.043.051.094.096.125.
14.巨大エレベ-タ-
027.041.045.054.080.088.122.129.144.148.
15.アンダ-.アルカディア
006.036.038.081.083.087.142.143.163.180.
16.最終關
011.019.020.097.126.151.164.177.178.179.
EX技
| 圖片 | 名稱 | 效果 | 專用武器 |
| 雷射光束 | 當使用無屬性集氣炮打中障礙物時會反彈，共3次 | 槍 |
| 雙向攻擊 | 當使用雷屬性槍時，子彈變為斜上、斜下兩方向 | 槍 |
| 火焰炸裂 | 當使用火屬性集氣炮，在一定距離或打中敵人時會炸裂(殺傷力加強) | 槍 |
| 多重冰彈 | 當使用冰屬性集氣炮時，一發集氣炮將變為多發的冰彈 | 槍 |
| 刺殺突擊 | 衝刺用劍時劍成刺擊狀 | 劍 |
| 墬雷閃 | 跳起來時按下鍵，劍會變成雷劍向下攻擊(使用時須為雷屬性) | 劍 |
| 炎刃斬 | 在平地時按上鍵，劍會變成炎刃向上攻擊(使用時須為火屬性) | 劍 |
| 劍氣斬 | 在平地時按下鍵會射出劍氣向前攻擊 | 劍 |
| 超級雙攜 | 普通攻擊時變成多重攻擊 | 反衝棍 |
| 雙拐炸裂 | 集氣攻擊時按上便會射出一顆子彈，撞到障礙物會變成四發子彈向下攻擊 | 反衝棍 |
| 走地迴旋鏢 | 集氣攻擊時會變為一枚大盾，向前攻擊，撞到障礙物便會回來 | 護盾迴旋鏢 |
| 環繞迴旋標 | 集氣攻擊時按下會變為一枚大盾，環繞在傑洛身邊 | 護盾迴旋鏢 |
裝甲介紹
頭部裝甲
| 圖片 | 名稱 | 效果 |
| 普通裝甲 | 一開始裝備的裝甲 |
| 補血裝甲 | 站在地上不動會自動補血 |
| 自動集氣裝甲 | 傑洛會自動集氣 |
| 快速集氣裝甲 | 傑洛集氣速度加快 |
身體裝甲
| 圖片 | 名稱 | 效果 |
| 普通裝甲 | 一開始裝備的裝甲 |
| 浮空裝甲 | 不受沙地、垃圾海影響 |
| 防禦裝甲 | 受攻擊時不會向後退 |
| 火焰裝甲 | 裝備後武器的集氣攻擊會擁有火焰屬性 |
| 寒冰裝甲 | 裝備後武器的集氣攻擊會擁有寒冰屬性 |
| 雷電裝甲 | 裝備後武器的集氣攻擊會擁有雷電屬性 |
腳部裝甲
| 圖片 | 名稱 | 效果 |
| 普通裝甲 | 一開始裝備的裝甲 |
| 水上跳躍裝甲 | 可以在水面上跳躍 |
| 二段跳躍裝甲 | 可在空中再跳躍一次 |
| 疾隱裝甲 | 衝刺時隱形 |
| 加速裝甲 | 走路速度加快 |
| 防滑裝甲 | 在冰地上不會打滑 |
| 貼牆裝甲 | 滑行牆壁時的速度較慢 |
| 萬能裝甲 | 擁有其他所有腳部裝甲的功能 |
隱藏模式、小遊戲、金手指
隱藏模式
困難模式 全破後
在主選單按著L鍵再按「開始遊戲」
傑洛會變色黑色
武器的等級為等級1(除了盾和反衝棍以外)
究極模式 集齊所有磁碟並以該紀錄破關後
在主選單按著R鍵再按「開始遊戲」
傑洛的能力則會大幅提升
小遊戲
傑洛：普通模式破關一次
雪兒：以S級破關一次
Copy-X：破困難模式一次
賢將：從頭到尾只能用劍，破一次，破關評價S
鬥將：所有任務評價100點
妖將：所有任務評價100點
隱將：從頭到尾只能用槍，破一次，破關評價S
金手指
體力
02037D04:10
隻數
02036F70:09
無敵
02037CF4:29
E罐
02037d1A:270F
EX技全
02037D28:FFFF
全裝甲
02037D2A:FFFF
02037D2C:FFFF
傳送點全部
02036F84:FFFF
頭目體力
0203BB04:00
小游戲開啟
020021CA 3E
020021CB 44
020021CC 4A
020021CD 50
020021CE 56
020021CF 5C
020021D0 61
洛克人ZERO3
