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在日本本州以南的諸多小島中，有一座名稱為 隴月島 的小島。
十年前，島上有五名少女在該島舉辦「朧月神楽」時突然失蹤，後來被負責該事件的刑警發現，五人雖然都平安無事，但卻同樣的失去了那段記憶。
事件發生兩年後，島上的人們開始集體失蹤，而少部份被警方發現的村民都已經沒有生命跡象，且臉上都像是看到恐怖無比的東西，雙手掩面並且面目扭曲。
此事件經由警方的追查下也毫無成果，因此案件也成了懸案，往後再也沒有人踏上隴月島而成了無人島。
而現在，有兩名少女再度踏上隴月島的土地上，麻生海咲和月森円香就是當初失蹤的五人之二，而他們再度踏上隴月島的原因則是因為當初一起獲救的五名少女中，有兩名少女，鞠絵與十萌離奇死亡，而死法和當初隴月島居民的死法如出一轍。
海咲和円香認為他們的死因跟當初隴月島上發生的事情一定有相關連，因此決定自己找出緣由。
踏上隴月島上的隴月館後，海咲和円香就失散了，円香在尋找海咲時發現到一台具有除魔作用的射影機，利用射影機打敗出現的怨靈後，円香也因為被一群怨靈包圍而失去意識...
為了解開這一系列的謎團，女主角 流歌也繼他們的腳步重新踏上隴月島...
序ノ蝕 咲き觸れ
登場角色： 月森円香
海咲和円香回到隴月島的隴月館中，剛進入隴月館海咲和円香就失散了，円香在尋找海咲的途中發現海咲的手電筒與一台射影機，藉由射影機的鏡頭円香看到了怨靈，雖然藉由射影機打敗了怨靈，但円香也隨即被怨靈們包圍而失去意識。
一ノ蝕 音連れ
登場角色： 水無月流歌
海咲和円香在隴月島失蹤後，又有另一名女子踏上了隴月島的土地，她是水無月流歌，是當初隴月島上失蹤的五名少女之一。
流歌在十年前的事件過後，就與母親小夜子一同離開了父親與隴月島，但失去的記憶一直讓流歌耿耿於懷，因此重新踏上隴月島，希望能找出空白的那段記憶，關於事件的真相與自己的父親。
在隴月館中徘徊的流歌在麻生紀念室中發現到已經靈化的円香，而從鏡子中看到自己的臉變得一片模糊...
二ノ蝕 共鳴
登場角色： 麻生海咲
回到隴月館後，海咲不斷的看見似曾相識的黑衣少女，黑衣少女對她說「回來了嗎... 隴月島」
為了得知黑衣少女的真面目而追隨著她的腳步來到以前円香居住的房間，才知道原來隴月館是個療養中心，而當初他們都在這裡治療島上特有的疾病「月幽病」。
海咲一點一滴的想起過去的事情
「円香... 你在哪裡？」
三ノ蝕 忘日
登場角色： 霧島長四郎
一個男人躺在地上，甦醒過來後發現在灰原醫院前，「這裡是？灰原醫院？我怎麼會在這裡？」
霧島是十年前事件的負責刑警，當初是他發現了流歌等五名少女，而現在他受到流歌的母親小夜子的委託而登上島來幫助流歌。
霧島在醫院門口突然見到灰原耀，灰原耀是本土通緝的連續殺人犯，也是灰原醫院院長灰原重人的兒子。
當初五名少女失蹤的事件似乎與灰原耀有關，當時由於無法逮捕到灰原耀，霧島辭去了警察的職務，以私家偵探的身份繼續追尋灰原。
灰原怎麼會突然出現在醫院前？擔心流歌的霧島一路來到當初發現五名少女的地下函洞中...
四ノ蝕 空身
登場角色： 水無月流歌
鏡子中顯示出扭曲面目的自己，而此時館中播出了熟悉而刺耳的音樂...
這裡到底是怎樣的地方？為何死去的人們依然在館中徘徊不去？心中有著許多疑惑的流歌來到了一個房間，當初自己居住的房間...
五ノ蝕 雙面
登場角色： 麻生海咲
尋找著円香下落的海咲來到了自己曾經居住的房間，在房間中發現自己與一名沒有臉的女人的合照，這個女人是誰？有一股熟悉的感覺
黑衣的少女似乎曾經與自己相當親密，親密到同睡一張床上...
黑衣少女與這個沒有臉的女人好像有著什麼關係，似乎只要見到他們就能知道自己的過去，海咲有這樣的預感。
「最重要... 最重要的人」
六ノ蝕 月守歌
登場角色： 水無月流歌
流歌在自己的房間發現一個壞掉的音樂盒，修好後音樂盒傳出熟悉的旋律，旋律讓流歌想起了部份的過去，身為面具師父的父親宗也，還有母親小夜子一起生活在四方月宅邸的事情，但偏偏就是想不起父親的面孔。
回過神來，流歌的眼前掉落了由父親製作的奏之面，這個面具好像當初戴在綁架犯人的臉上，難道父親...
此時在房間中似乎看到母親小夜子的身影，是錯覺嗎？撿到小夜子的日記，發現小夜子當初懷疑丈夫宗也利用少女們進行某種儀式並且參與犯罪。
至此流歌終於知道為何母親要帶著自己離開父親與這座島嶼。
來到灰原醫院，走到當初自己被刑警發現的地方，流歌感覺到一種懷念的感覺...
七ノ蝕 無苦
登場角色： 霧島長四郎
持續在灰原醫院搜索的霧島，發現到許多灰原醫院不為人知的秘密，院內不但以病患為實驗品進行實驗，還做出許多不人道的事情。
院長灰原重人與兒子灰原耀一同進行許多關於月幽病的治療，而且灰原重人雖然身為醫師卻異常相信民俗療法。
為什麼？為什麼灰原父子對於治療月幽病如此的執著？
霧島發現灰原父子的種種行為皆源自島上的傳統習俗 隴月神楽，因為似乎許多人都是因為神楽而罹患月幽病，灰原重人相信神楽中的面具與音樂與月幽病之間一定有相關連。
十年前少女們正是在島上進行隴月神楽時失蹤的，這有沒有什麼意味？
霧島在一名畫家患者的房間發現一幅畫，畫中有一個面目不清的女子，這名女子又是誰呢？
八ノ蝕 朔夜
登場角色： 麻生海咲
海咲來到了一個房間，房間門牌上寫著朔夜，在房間中發現那個沒有臉的女人原來就是朔夜，而朔夜將她自己每天抱著的娃娃送給了海咲。
朔夜是月幽病的重症患者，隨著病情惡化還出現人格分裂的現象，不久於人世，而為了保護自己，朔夜將懷中的人偶當作自己，藉此來保護自己。
而後來朔夜將這個人偶送給了海咲，這個形同自己分身的人偶，也就是後來的黑衣女子 海夜。
海咲在地下月黃泉堂中再度見到了朔夜，但此時朔夜已不再是當初那名溫柔的女性了，由於儀式帰來迎中跳了神楽的關係，朔夜已經完全喪失了自己的本性，成了怨靈，所有見到她的人都會成為怨靈。
海咲想起了這一切而不斷哭泣，朔夜前去抱住了她，沒多久海咲就倒在地上...
九ノ蝕 帰來迎
登場角色： 水無月流歌
來到了灰原醫院的地下室的流歌，慢慢向更深的地方走去，四周道路錯綜複雜，原來這是島上舉辦隴月神楽的地方，流歌想起當初在隴月神楽活動中被灰原耀帶走的記憶，此時在中央遇見了朔夜的怨靈，流歌不斷逃跑而誤打誤撞來到了外面，此時出現了父親宗也的身影，隨著宗也的方向前進，流歌來到了某處...
這是... 四方院宅邸，小時候流歌與父母共同居住的地方。
十ノ蝕 殘桜
登場角色： 霧島長四郎
果然當初從隴月神楽中帶走五名少女的人就是灰原耀，灰原耀與父親灰原重人為了秘密舉行古老的儀式帰來迎而誘拐儀式中需要的五名巫女"奏"。
而擔任這個儀式中央的巫女"器"的就是灰原重人的女兒 朔夜，而灰原耀則對自己的姊姊有種扭曲的愛。
灰原父子為了挽救罹患重度月幽病的朔夜的性命而使用月蝕假面與月守歌來舉行帰來迎，但是帰來迎失敗了，朔夜也倒地不起。
從此朔夜就在醫院的地底長眠，介於生與死之間，不知何時才會醒來。
但是沒想到，兩年後朔夜醒來了，醒來的朔夜在島上四處遊走，而見到她的居民全都因此變成了怨靈，此日就被稱為無苦之日。
而霧島追著灰原耀來到醫院的屋頂，混亂之中兩人一同從屋頂摔落下來...
「原來是這樣...」霧島早在八年前就已經在島上死亡了，而霧島的魂魄為了追尋灰原而逗留在島上徘徊。
霧島完成使命，將月蝕的假面交給了流歌，此時看到了小夜歌的身影，兩人一同靜靜的站在霧島的遺骸前...
十一ノ蝕 月蝕
登場角色： 水無月流歌
流歌在四方院宅邸中得知了自己的過去，身為面具師父的父親宗也讓自己的女兒與其他四名少女戴上奏之面，然後給朔夜戴上月蝕的假面跳起神楽，這就是禁斷的儀式帰來迎。
但是儀式的最後以失敗結束，流歌他們失去了記憶，朔夜也倒地長眠...
沒想到，兩年後朔夜醒來了... 她不應該醒來，也不能夠醒來的...
難道八年前的事件，島民的失蹤，朋友的死亡，這一切都是因為父親的一意孤行而造成的嗎？
要如何才能結束所有的悲劇，如何才能償還父親當年犯下的錯誤...？
終ノ蝕 零域
登場角色： 水無月流歌
離帰來迎已經過了十年，月蝕之夜即將再臨，而朔夜也將帶來毀滅...
而能夠讓朔夜平靜下來的方法只有以月蝕假面與正確的月守歌來重新舉行一次帰來迎。
為此，流歌登上了月読崎燈塔，一路突破各個怨靈，包括自己喪失本性的父親的阻擾，從父親身上取得最後一片月蝕假面的碎片，至此月蝕假面已經拼回，一步一步登上燈塔頂端，在頂端之前遇見母親小夜子的靈，小夜子將正確的月守歌譜交給了她，至此月蝕假面與月守歌都已到手，準備面對最終的戰役。
到了頂端，見到了面目扭曲的朔夜，流歌一邊抵擋朔夜的攻擊一邊來到祭壇中，依照樂譜彈出端正之音的月守歌，聽到月守歌後朔夜出現痛苦的樣子，流歌衝上去將月蝕假面給她戴上，淨化了她的靈魂。
此時海面上出現通往黃泉之門，島上長久無法安息的魂魄們通過黃泉之門前往了黃泉，霧島的靈魂也得到了安息，此時流歌終於看到自己父親宗也的魂魄，也想起父親真正的面孔，那帶著嚴肅又不失溫柔的臉孔。
父女相見，無須言語，而宗也也穿越黃泉之門前往另一個世界，帶著他所製作的月蝕假面一起...
一切都結束了...
記憶都回來的流歌，坐在鋼琴前不斷彈奏著月守歌，流歌的眼前突然出現一個畫面，夜晚森林中的小湖，天上的月亮映著湖面搖曳晃動，這就是父親宗也所渴求的零域...
至此，遊戲結束。