中國古代作戰是非常講究陣法即作戰隊形的，這稱之為“佈陣”。佈陣得當就能充分發揮軍隊的戰鬥力，揚長避短，才能克敵制勝。在《赤壁魂》中，佈陣更是遊戲的精髓玩法。

玩家通過在遊戲中下方的系統條中點擊

按鈕，開啟佈陣的功能後，會顯示佈陣介面。

玩家通過滑鼠拖動武將列表中的武將頭像到佈陣系統中，可以排列不同的陣法組合，組成千變萬化的古陣法，從而影響出戰武將，技能出手順序，戰鬥評分等等，小小的佈陣調整便可獲得戰鬥力的大幅度提升。

佈陣系統會根據玩家等級的提升，增加可上陣的武將數量。最多可出戰5名武將，擁有超強的戰鬥力。