《跨越千年》中副本從商周時代開始就會出現了，每一個副本都有自己獨立的場景，副本中可分為3個職業進入，督軍，神策，先鋒，每一個職業在副本中都會有自己獨特的技能，以及移動範圍、突襲範圍的大小都是各不相同的，副本最多可以4個玩家加入，難度分為3等，個人試煉，組隊闖關，組隊挑戰，從左向右依次類推難度會越來越高，同時根據難度不同裝備掉落也不同，難度越高掉落的裝備品質也就越好。
副本是採用的手控戰場，需要4個玩家相互配合，玩家可以利用每個職業不同的特點，來相互支援圍殺敵人，同時場景裡面還會有很多點可以利用，也就是所謂的地形優勢，來繞、躲、跑、圍來擊殺敵人。
副本的難度越高需要玩家之間的配合也就越默契，如果一個玩家馬虎很有被滅團的危險，在副本中每支隊伍會有很充足的行動時間，4個人好合理協商戰術站位走位，給予每只敵人部隊最大化的輸出，和承受最小的傷害。
時光副本
