時間設定在西元203X年,為「真‧女神轉生」與「真‧女神轉生II」中間的空白時代,
「真‧女神轉生NINE」中的空白十年。
【A.D.199X】
・陸軍自衛隊第一師團三十二連連隊長一等陸佐「五島」計畫開發「空間轉移裝置──終端站」。
・因「空間轉移裝置」開發產生事故,造成東京一帶開始出現惡魔(異界存在的象徵)。
・接著在各地都發現有惡魔的行蹤。
・「空間轉移裝」的開發者「STEVEN」在各地散佈「惡魔召喚程式」。
・發生東京吉祥寺女子高生殺害事件。
・五島在市谷駐屯地發動軍事政變,宣佈東京進入戒嚴狀態。
・為了平息政變,美國大使「杜魯門」派遣美國軍隊進入東京。
・第三勢力「反抗軍」成立,對抗五島政變。
・杜魯門下令發射「I.C.B.M.(洲際彈道飛彈)」,對東京進行「淨化」。
・東京崩壞,成為惡魔橫行的巢穴。
【A.D.202X】
・「彌賽亞教團」於東京品川區開始建設「聖堂」。
・「蓋亞教團」於東京上野區建設「總本山」
・彌賽亞教團與蓋亞教團之間紛爭不斷。
・因為「唯一神」的意志,導致「大洪水」事件。神的制裁‧彌賽亞教團的陰謀
「大洪水」の後、吉祥寺のある「少年」が「カテドラル」に進入。
「I.C.B.M.」事件與「大洪水」事件被合稱為「東京大破壞」。
【A.D.203X】
・「彌賽亞教團」與「蓋亞教團」簽訂不可互相侵犯的「大協定」條約。
・之後,殘存的人類成立了不分宗教、信仰、思想的「共同體社會」,
在「七賢者」的領導之下,為「東京復甦」而努力……