聯邦的崛起
許久之前，四台從地球載滿政治犯及罪犯的超級母艦墜落在遠方的塔桑尼斯、莫瑞亞及尤摩捷星球。
這些吃苦耐勞又機智的人們建立了殖民地，並最終發展到其他的星球上。隨著時間過去，最大而科技最發達的殖民地，塔桑尼斯，成立了一個強大卻專制的政府，名為泰倫聯邦。
一位兼具野心和魅力的前任勘礦家阿克圖洛斯‧蒙斯克發起並領導了一場針對聯邦的血腥反抗運動。
但是，當蒙斯克和他的克哈之子正努力要將他們的人類同胞從暴政中解放的同時，一場更大的衝突正在地平線的另一端逐漸逼近…
第一次接觸
人類第一次發現他們並非世界上唯一的種族，是因為一支金光閃閃的神族艦隊從聯邦的星球喬‧薩拉上空出現，並毫無預警地將整顆星球化為塵土。
此時，在喬‧薩拉的姊妹星—瑪而‧薩拉上，警長吉姆‧雷諾發現了第二個外星種族存在的證據。大量的襲擊事件在星球上爆發，使得克哈之子必須急於擴大組織，對抗那些被稱為蟲族的外星生物。
吉姆‧雷諾和反抗軍在神祕的神族艦隊回來焚毀瑪而‧薩拉之前盡可能地疏散了星球上的居民。
對於泰倫聯邦徹底失望的吉姆‧雷諾加入了克哈之子。在安提卡主星上，他與蒙斯克的副官莎拉‧凱莉根共事。她原本是聯邦的精英刺客，後來被蒙斯克從聯邦政府的精神控制解放出來。即使剛開始有點摩擦，雷諾和凱莉根仍很快地形成了極有效率的搭檔。
蒙斯克在安提卡主星上發動了一場針對聯邦的全面戰爭。接著，他使用了由聯邦製造的心靈發射器 － 可以做為蟲族信標的一種儀器來摧毀聯邦的軍隊。沒多久，神族就從安提卡主星的軌道上將它化為焦土，就如同他們之前對待喬‧薩拉和瑪而‧薩拉一樣。
無情的背叛
接下來，蒙斯克對聯邦的首都塔桑尼斯發動了攻擊。凱莉根驚恐地發現他在未受蟲族感染而且人口稠密的星球上放置了心靈發射器。當蟲族席捲塔桑尼斯的同時，雷諾開始質疑蒙斯克是否已經失去理智 — 看樣子，為了達成目標，再極端的手段對蒙斯克來說都不算過分。
神族艦隊的領袖，塔薩達執行官，此次想要嘗試保全整顆星球，而派遣了地面部隊。蒙斯克命令凱莉根殲滅登陸的神族軍隊。儘管心存疑慮，凱莉根仍然服從了命令，確保塔桑尼斯淪陷在蟲族的攻擊之下。
被蟲族包圍的凱莉根請求撤離。然而，在蒙斯克毫無預警的背叛之下，凱莉根和她的部隊遭到了遺棄，任由自生自滅。憤怒的雷諾趕到塔桑尼斯，絕望地嘗試要拯救他的搭檔。但即使他盡了最大的努力，卻仍然晚了一步。
自治聯盟興起及刀鋒女皇
在塔桑尼斯的淪陷及聯邦的瓦解下，多數倖存的人類很快地向克哈之子效忠，使其成為了抵抗外星侵略者最主要的軍事力量。隨著一顆又一顆的星球向克哈之子求援，蒙斯克宣稱需要一個新的政府，泰倫共合國，才能保護這些星球。在承諾會戰勝這些外星種族的同時，他宣告及自立為共合國的皇帝。
在此同時，吉姆‧雷諾的心中對於失去莎拉‧凱莉根非常難以釋懷，因為他意識到他已經愛上她了。被她的死亡及自己許多往事所困擾的雷諾偷走了蒙斯克的旗艦，海伯利昂號，並下定決心要以凱莉根之名持續捍衛正義。
雷諾所不知道的是，莎拉‧凱莉根並沒有死亡。
主宰 — 控制蟲群的最高意識體 — 用了蟲族的高濃度進化病毒感染了凱莉根。她接下來的進化付予了她難以置信的力量及深不可測的心靈能量。最終，她以刀鋒女皇的身分重生了：主宰的忠實僕人，一個被剝奪了人類道德觀而異常存在的個體，無情地只為蟲群的生存而戰。
然而主宰也遭受了重大的打擊：黑暗聖堂武士的領袖澤拉圖，殺死了他手下其中一隻腦蟲。原本被該腦蟲所控制的蟲族開始變得混亂，轉而攻擊其他的蟲族，使得被攻擊的蟲族被迫將它們消滅。
但其實蟲族並沒有一敗塗地。當澤拉圖殺死腦蟲的時候，他與主宰曾有一次短暫的精神交流。在那個瞬間，主宰發現了神族母星艾爾的位置。蟲族向艾爾展開了攻擊，儘管神族英勇地抵抗，蟲族仍然在艾爾建立了據點，而主宰也在星球的地表紮了根。
塔薩達與吉姆‧雷諾結為盟友，重整了敗退的神族以進行對敵人最後的反攻，但是神族的軍隊僅能給予蟲族輕微的打擊，自己卻傷亡慘重。在最後一場孤注一擲的賭注中，塔薩達將艾爾神族的能量以及被禁用的黑暗聖堂武士能量灌注在他的船艦 — 星梭號的船身上，並將整艘船撞向了恐怖巨大的主宰。
塔薩達英勇犧牲所造成的大爆炸成功的殺死了主宰，使得在艾爾星球上的蟲族陷入了混亂。但是神族並沒有慶祝的理由，因為艾爾上絕大部分的區域都已變為廢墟。況且，整個蟲族並沒有因此而消失。在遠方的查爾星球上，凱莉根察覺了主宰的死亡，並且領悟到她被創造的真意。刀鋒女皇的統治才正要開始。
靠不住的盟友
即使主宰已經不存在，但無庸置疑地，蟲族即將淹沒艾爾星球上剩下的神族子民。艾爾上的神族唯一的存活希望就是逃到澤拉圖提供讓神族前往避難的定所，也就是黑暗聖堂武士的母星夏庫拉斯。凱莉根意外地出現在那裡，並要求與黑暗聖堂武士的女族長芮澤格爾進行對談。
凱莉根發誓她已經不再是冷血的殺戮機器了，並告知神族數隻蟲族的腦蟲正準備融合為新的主宰。凱莉根警告神族，若新的主宰發育成熟並取得蟲群的控制權，她將會變回之前那個殘忍的殺手。為了防止這樣的事情發生，凱莉根自願與神族併肩作戰，對抗蟲族及新的主宰。即使澤拉圖和其他人持保留態度，芮澤格爾仍接受了凱莉根的提議。
在執行計畫的過程中，神族開始對凱莉根產生質疑。等他們發現此次的結盟只是在幫刀鋒女皇達成她真正的目標時已經太晚了：其實她只是想消滅威脅到她蟲群統治權的挑戰者。在黑暗聖堂武士的協助下，一些不合作的腦蟲都順利被消滅。
在凱莉根離開夏庫拉斯的時候，被利用的神族做出了結論：他們除了把正在進行的計畫完成之外別無他法。他們使用一個古老的薩爾納加神殿所擁有的力量，成功將夏庫拉斯上的蟲族盡數消滅。為此他們付出了極為慘痛的代價，因為巨大的爆炸使得夏庫拉斯變成了滿佈沙丘及廢墟的荒漠。
地球聯合理事會
克普魯區的人類並不知道，地球長久以來一直靜靜地觀察著遠方的殖民星球。在發現了這些帶有敵意的恐怖外星生物後，地球前所未見地團結了起來，形成了一個新的政府，名為地球聯合理事會（UED）。當克普魯的殖民地軍事力量下降的事實逐漸明朗化，地球聯合理事會的高層研判這是他們侵略和控制這些殖民地的最佳時機。
在監控蟲族和神族行動數個月後，地球聯合理事會覺得他們對於控制蟲族具有相當的信心。就在這個時候，他們收到了新形成的主宰在查爾行星上的消息。對於勝利充滿信心的地球聯合理事會派出了一支遠征艦隊，打算俘虜新生的主宰，並控制蟲群來推翻泰倫自治聯盟。
遠征艦隊為了使用布萊西斯行星為中繼站而攻擊它的首都。它的防禦措施做得相當好，使得攻下它成了曠日廢時的長期戰，但地球聯合理事會因此與聯邦抵抗軍的成員們取得了聯繫。他們的領袖，薩米爾‧杜蘭解釋他們存在的目的就是為了要推翻泰倫自治聯盟和蒙斯克大帝。這些勇士們自願性地成為了地球聯合理事會的生力軍。
在杜蘭的幫助下，地球聯合理事會很快地獲取了泰倫自治聯盟最主要的網路資訊—特別是關於他們的軍力分析資料和其他的高機密素材。地球聯合理事會接著進攻了達拉瑞恩船塢，自治聯盟主要的戰巡艦停泊場。快速的突襲使得他們奪取了許多船艦的控制權，並徵召了殘存在達拉瑞恩的士兵。
地球聯合理事會在更加一步地補強兵力之後便前往克哈四號星，自治聯盟的首都行星。在一場激烈的戰鬥之後，理事會的軍隊開始轟炸克哈星的首都，奧古斯格勒，迫使阿克圖洛斯‧蒙斯克大帝與地球聯合理事會的艦隊通訊要求談判。
當大帝的小艦隊被重重包圍，地球聯合理事會的軍隊正準備逮捕蒙斯克時，吉姆‧雷諾搭著蒙斯克原本的旗艦海伯利昂號，隨著一小支神族艦隊到來。雷諾憤怒地表示他搭救蒙斯克唯一的原因是一位雙方都認識的故人想要蒙斯克活下來。沒過多久，雷諾、他的神族盟友及蒙斯克一起順利地逃離該處。
地球聯合理事會繼續進行著他們的作戰計畫，前往查爾捕捉成形中的主宰，並準備透過它獲得掌控蟲族的能力。理事會的軍隊突破了主宰的防線，受過特別訓練的醫護兵很快地開始使用強力的神經性藥物使它平靜下來。在這個時候，杜蘭被發現他其實是一個間諜，為凱莉根的同伴。但這個發現對大局來說起不了任何影響：因為主宰已經被地球聯合理事會牢牢的掌控了。
精神干擾器的毀滅
地球聯合理事會因為新的主宰以及它底下蟲群的控制，使得理事會對凱莉根擁有了決定性的優勢，一種名叫精神干擾器的武器阻止了刀鋒女皇控制尚未被主宰所控制的蟲群幼蟲。然而，凱莉根已經預見到這樣的困境並採取了相對應的行動。
凱莉根從她在塔桑尼斯的堡壘中聯繫了吉姆‧雷諾。她知道，在她加入蟲族之前雷諾曾經在乎過她，而且她了解雖然他不信任她，卻多多少少仍對她抱有些許感情。與他聯繫對凱莉根來說幾乎毫無風險，況且雷諾會是她與夏庫拉斯的神族之間最佳的大使，因為他們還沒忘記她過去對他們的操弄。當雷諾和神族願意聽她的安排，她要求他們將蒙斯克大帝和自治聯盟的殘兵敗將從地球聯合理事會的猛攻中救出來。擔心地球聯合理事會手上的主宰所帶來的威脅，雷諾暫時放下他對蒙斯克的仇恨並同意執行凱莉根的計畫。
雷諾成功執行了救援計劃，凱莉根向蒙斯克保證她並沒有殺死他的意圖，因為她已經不再因為他的背叛感到憤怒。她的說法是，擊敗地球聯合理事會比起瑣碎的宿怨來說還要來得更加重要。
凱莉根解釋，她想要使用蒙斯克的精神發射器來重新控制剩下的蟲族大軍。接下來她就能將精神干擾器摧毀，而在那個時候她才真正有機會打敗地球聯合理事會的艦隊。她願意幫助蒙斯克從聯合理事會的手中奪回克哈星來做為交換。蒙斯克有權力可以拒絕她的要求，但是她將會將他永久監禁。
蒙斯克想不出有第二條路可以走，而且奪回克哈星這個主意對他來說相當有吸引力，所以他將精神發射器借給了凱莉根。凱莉根的計畫完美地實現了，而她也摧毀了布萊西斯星上的精神干擾器。
等到凱莉根控制了絕大多數的蟲族並累積了足夠資源，她和她那些不得已必須合作的盟友們對克哈星發起了攻勢。在克哈星上的地球聯合理事會駐軍被輕易地殲滅了，而歡天喜地的蒙斯克重新奪回了對克哈星的掌控。他再度宣稱自己為泰倫自治聯盟的皇帝，並在奧古斯格勒成立了指揮中心。
同盟瓦解
重整了蟲族大軍並將地球聯合理事會從克普魯區最強勢力的交椅趕下來的凱莉根，在此刻認為她的盟友已經失去了利用價值。杜蘭指出如果她現在發動攻擊，她那些盟友將會毫無戒備。
凱莉根毫無預警地派出了大量的爪牙攻擊人類的據點。蒙斯克公開譴責了凱莉根的背叛。她回應她的動作不過是理由正當的復仇，因為蒙斯克在塔桑尼斯的背叛使得她受盡苦難。至於蒙斯克本人，她會讓他活著：她要他親眼看到她登上權力顛峰和認知到他是讓她成為完全的致命刀鋒女皇上最大的推手。
雷諾十分英勇地戰鬥著，但是他看得出這場戰鬥並沒有勝算。當他從克哈星逃走的時候，他發誓凱莉根將會為她所奪去的生命付出代價。他發誓，他將會親手殺死凱莉根。
釋放芮澤格爾
凱莉根下定決心要殲滅地球聯合理事會的軍隊和他們所抓到的主宰。為了這個目的，她前往夏庫拉斯行星並挾持了黑暗聖堂武士的女族長芮澤格爾。
利用芮澤格爾當做籌碼，凱莉根提出了她的條件。因為只有澤拉圖和他的族人具備消滅主宰和腦蟲的能力，凱莉根提出了一個交易：只要黑暗聖堂武士殺死那些反叛的蟲族，她就會讓芮澤格爾回到夏庫拉斯。
即使澤拉圖並不願意，但為了整個神族，芮澤格爾還是說服了他執行凱莉根的要求。最終澤拉圖選擇了服從命令。他襲擊了查爾行星上的地球聯合理事會軍隊，並成功殺死了主宰和它手下的腦蟲。所有克普魯區的蟲族因而納入了凱莉根的掌控。
達成任務後，凱莉根問芮澤格爾是否要回到她族人的身邊，但是女族長卻說她唯一的希望就是服侍凱莉根。在那一刻，澤拉圖理解到凱莉根早已腐化並奴役芮澤格爾的心智。
殘存的地球聯合理事會軍隊在戰敗後從查爾行星上逃離了。澤拉圖和其他的黑暗聖堂武士穿透了凱莉根的防禦措施並救出了他們的女族長。他們不知道的是，芮澤格爾被奴役的心智是無法被解除的。
在澤拉圖帶著芮澤格爾離開之前，蟲族的大軍包圍了澤拉圖的基地並開始猛烈的攻擊。在凱莉根和她的爪牙步步逼近的時候，澤拉圖充滿恨意地詛咒著凱莉根。為了不讓蟲族再次俘虜芮澤格爾，他親手結束了女族長的生命。在芮澤格爾斷氣之前，她恢復了神智並感謝澤拉圖把她從凱莉根的奴役中解放出來。
心中充滿自責和傷痛的澤拉圖立誓他一定會為女族長復仇。
更強大的力量
在離開查爾的時候，澤拉圖和其他的黑暗聖堂武士前往附近一顆不明衛星上調查一波神族能量訊號。在那裡，他們找到了一些安置神族和蟲族的休眠艙。進一步的調查後他們發現薩米爾‧杜蘭正在使用基因工程想要嘗試創造混合蟲族和神族DNA的混種生物。
最令人不安的是，杜蘭的試驗相當成功。
杜蘭對澤拉圖的厭惡無動於衷，並告訴他自己的主人的力量遠比凱莉根還要強大，而且混種生物是這個計劃的最後一個步驟，計劃本身也已經接近尾聲。杜蘭宣稱散布在上千不同星球上的混種生物已都即將進化完成，而他們的甦醒將會永遠地改變宇宙的歷史。
凱莉根的崛起
在接下來的一段時間，凱莉根受到了嚴苛的挑戰。杜蘭消失得很不是時候。她用來監控查爾星球的太空站正受到攻擊，但她絕大部分的兵力都還留在地面。阿克圖洛斯‧蒙斯克召集了一支新的艦隊，而來自夏庫拉斯的新神族艦隊也已經傳送過來。雪上加霜的是，地球聯合理事會一直念念不忘要擊敗那個操弄及羞辱他們的女人。
但是刀鋒女皇將怒火全面釋放在敵人身上的同時也證明了她這個對手對他們而言過於強大。面對即將敗戰的蒙斯克提早從戰場撤離了。他警告凱莉根，因為他將會在她犯下致命錯誤時出擊。
艾爾的神族和黑暗聖堂武士在離開前也沒忘記撂下狠話。他們宣稱他們永遠不會忘記芮澤格爾的死亡。他們也會密切注意凱莉根的行動。
發展到最後，孤軍奮戰的地球聯合理事會艦隊面對凱莉根的大軍顯然毫無勝算。凱莉根為了消遣時間，允許他們往地球的方向逃走，並讓他們先逃上一段合理的距離才派遣部隊追擊。
凱莉根的大軍很快地追上地球聯合理事會艦隊並將它撕裂。沒有一艘船能逃回地球報告克普魯區所發生的一切。
刀鋒女皇並沒有因為眼前的勝利而沾沾自喜。她坐鎮在查爾星球上看顧整個蟲族。母巢之戰讓世人見識到她已經比任何人想像得都還要來得強大：她已成為克普魯區真正的主宰力量。儘管如此，與蟲族剛開始時爆炸性的擴張相比，過去四年中被取代的則是令人不安的寧靜。
外界只能揣測凱莉根過去四年中到底在進行什麼，因為沒有偵察隊伍可以從蟲族佔據的星球活著回去報告任何他們的發現。許多人相信蟲族正在壯大自己的勢力，並且在培養新的生物組織，之後就會發起新一輪的攻擊。有些人則認為凱莉根罷手的原因是因為她仍有點滴的人性殘存，但是見識過她殘暴手段的人會說那只是一廂情願的想法。
艾爾的神族仍在掙扎著要從失去家園的痛苦中恢復，同時嘗試要將夏庫拉斯上居住的黑暗聖堂武士融入到他們的社會體系之中。這對雙方來說都是困難的轉變，芮澤格爾的名字在此也變成了維持雙方和平的催化劑。與黑暗聖堂武士及薩爾納加科技的互動也使得神族發展了許多新的科技，讓他們為與蟲族的長期抗爭持續地備戰。
芮澤格爾的記憶一直糾纏著澤拉圖，而且與薩米爾‧杜蘭的談話也一直煩擾著他。多年來他一直遠離人群，被自責及傷痛所折磨，直到一個需要澤拉圖幫忙的人類考古學家找到了他，並說服他從自我放逐中解放出來。在那之後，澤拉圖找到了關於薩爾納加—蟲族與神族創造者的神啟。他自此一直在尋找更多能解開謎團的線索。
阿克圖洛斯‧蒙斯克和他的軍隊回到了克哈星重整旗鼓。他重新掌權後的第一道命令就是重建泰倫自治聯盟。從凱莉根身上他找到了新的復仇目標。自治聯盟再次成為人類社會中最強大的一股力量，控制了幾乎所有原本屬於地球聯合理事會的行星。
地球聯合理事會的遠征艦隊在母巢之戰中幾乎被盡數摧毀，而現在只有少數的倖存者散落並藏匿在克普魯區。
吉姆‧雷諾率領了一群名為雷諾突擊隊的反抗軍抵抗自治聯盟的擴張，但是多年來都無法扭轉敗局。阿克圖洛斯‧蒙斯克使用了他最強大的武器—媒體與宣傳來打壓雷諾所做的努力。現在的雷諾看來正逐漸失去信念，並開始酗酒，而且也無法擺脫他過去的陰影。
那些真正認識雷諾的人都說他心中有一部分不會讓他在殺死莎拉‧凱莉根之前獲得真正的安寧…
…還有另一部分不願意就此放棄她。
故事背景
